1552. — Свт. Макарий заканчивает составление «Великих Макариевских Четьих Миней», впервые собрав воедино всю имеющуюся на Руси церковную литературу. Также по его указаниям составлена «Сводная кормчая книга», объединяющая почти весь известный в Русской Церкви канонический материал, и «Никоновская летопись».
1553. — Устройство первой типографии в Москве, выпустившей анонимные издания.
1553–1554. — Церковный Собор в Москве осуждает еретиков протестантского толка Матвея Башкина и его приспешников и ссылает их в северные монастыри. Суд над белозёрским иноком ересиархом Феодосием Косым. Феодосий бежит в Литву, где развивает своё протестантствующее учение. Игумен Троице-Сергиева монастыря Артемий, также подвергнутый суду по этому делу, сослан в Соловки, откуда в дальнейшем бежит в Литву, где отстаивает православие в полемике с Феодосием Косым.
1555. — Преставление митрополита Иоасафа в Троице-Сергиевом монастыре. Учреждение Казанской епархии. Назначение её первым архиепископом св. Гурия, игумена Селижаровского. Заложение в Москве Покровского собора (церковь Василия Блаженного).
1558. — Обретение мощей епископа Новгородского св. Луки (Жидяты) и епископа Новгородского св. Никиты и перенесение их в Софийский собор.
1559. — Мурза Чюрак от лица всех черкесов просит Ивана Грозного крестить их в христианскую веру.
1561. — Соборный акт патриарха Константинопольского Иоасафа II, дающий Иоанну III право «быти и зватися царём законно и благочестиво». Этим актом Константинополь фактически ликвидировал свои прежние отлучения, наложенные на Русскую Церковь за поставление митрополита Ионы. Закончена работа над «Степенной книгой», составленной по указанию митрополита Макария.
1563. — Иоанн Грозный берёт Полоцк. Полоцкая епархия присоединяется к Московской митрополии. Преставление митрополита Макария.
1564. — Выходит в свет «Апостол», первая печатная книга в Московии. Выходит постановление впредь русским митрополитам носить белые клобуки с рясами и херувимами по примеру чудотворцев Петра и Алексия и запечатывать грамоты красным воском. Митрополитом избран инок Чудова монастыря Афанасий.
1565–1572. — Опричнина.
1566. — Митрополит Афанасий по болезни добровольно оставляет свой престол и удаляется в Чудов монастырь. Митрополитом нарекается Казанский архиепископ Герман. Однако ещё до его поставления Иоанн IV изгоняет Германа из митрополичьих палат. Митрополитом поставляется свт. Филипп II, игумен Соловецкого монастыря.
1568. — Митрополит Филипп во время воскресных служб в Успенском соборе несколько раз открыто обличает Иоанна IV в несправедливых жестокостях. Специально созванный Собор для суда над Филиппом. Филипп сослан в Отрочь-монастырь. Митрополитом поставляется Троицкий архимандрит Кирилл IV.