1645. — Зарождение секты хлыстов (предположительно).
1649. — В Москве напечатан «Малый Катехизис» Петра Могилы.
В это время издаётся «Уложение царя Алексея Михайловича», — оно ограничивает экономическую, административную и судебную власть патриарха, архиереев, церквей и монастырей. Государство очевидно берёт Церковь под свою тяжёлую руку. Монастырский Приказ для рассмотрения судебных дел церковных людей обособляется. Во вновь основанный Преображенский монастырь прибывает около тридцати учёных иноков из Киево-Печерской лавры, и открывают там обучение всех желающих.
1650–1651. — Приезд в Москву патриарха Иерусалимского Паисия со свитой. Поездка на Восток старца Арсения Суханова и три диспута о достоинстве Русской Православной церкви сравнительно с греческим православием. Обсуждались отличия русского обряда от греческого: двуперстие, сугубая аллилуйя, многоголосие и т. д.
1651. — Патриарх Иосиф издаёт указ о введении единогласия в церквях; Церковный собор выносит это решение после консультаций с Константинополем.
1652. — Преставление патриарха Иосифа. Патриархом избирается митрополит Нижегородский Никон. Никон переподчиняет Печатный Двор из ведения Дворцового Приказа в своё и организует ещё более масштабное исправление и печатание церковных книг. По его прямому распоряжению книги начинают исправлять по греческим образцам.
Православные историографы обтекаемо пишут, что Никона уговорил стать патриархом царь Алексей Михайлович. Но И. Забелин прямо говорит, что Никон был избран (читай: назначен) Алексеем Михайловичем, а не как исстари велось — по жребию. (См. И. Е. Забелин, «История города Москвы», стр. 329.)
Но как же тогда расценивать «поставление», а не выбор по жребию, патриарха Иова в 1589 году? А «назначение» в 1608, и «поставление» в 1619 году Филарета? Чем хуже Филарета оказался патриарх Игнатий, дважды (в 1606 и 1611) поставленный той же польской партией, — а ведь нынешняя церковь его вообще патриархом не считает? Совершенно очевидно, что он выброшен из церковной историографии только по политическим причинам: Филарет-то стал затем Великим Государем и основателем новой династии!
Филарета первый раз назначил патриархом Лжедмитрий II в 1608 году, при живом избранном ранее патриархе Ермогене, а второй раз, в 1619 году, его провозгласили патриархом в присутствии Иерусалимского патриарха Феофана IV, который, как сообщается в книге «К 400-летию Патриаршества на Руси», «по Промыслу Божию оказался в то время в Москве». Своим преемником Филарет назначил Иоасафа. Следующий патриарх, Иосиф, в 1642 году был избран не голосованием, а