Но государству требовалась послушная Церковь, не более того; задачи получить непослушный народ, скрывающийся от государства в лесах по скитам, не стояло. Как только Церковь в целом была подчинена, сразу понадобилось «вернуть народ»: экономическое развитие требовало работников, а они сбежали. Причём в своём противостоянии и церковь новой веры, и церковь старой веры заметно двинулись в сторону «закукливания», отстранения от интересов государства. Создавалась «молчащая оппозиция», содержащая в себе зародыш теократического государства; возник риск перехода на другую траекторию эволюции страны. Требовалось какое-то решение.
После смерти царя Алексея государство продолжало по инерции преследования староверов. В царствование Фёдора Алексеевича репрессии против них расширились, а царевна Софья издала закон, запретивший любую деятельность раскольников. Смертная казнь, кнут, в лучшем варианте ссылка — вот что им грозило. И тотчас в стране вспыхнула религиозная война. Реальные боевые действия шли на Медведице, Дону, Куме и в других казачьих областях. Но в основном бунты были не столько за веру, сколько за волю и за справедливость.
Большинство старообрядцев было вынуждено покинуть города, прежде всего столицу. Они бежали на Север и в Сибирь, в русские «пустыни», которые всегда отождествлялись с лесами, «пустыми» от людей. Они бежали и за рубеж — на Кубань и Северный Кавказ, «под руку» крымского хана и кабардинских князьков, но больше всего в пределы Речи Поcполитой. Внутри страны они проявляли исключительную духовную стойкость, отвечая акциями массового самосожжения, когда люди горели целыми родами и общинами.
Поначалу преследовал староверов и Пётр I. Собственно, он был далёк от религиозных проблем, он был, так сказать, не гуманитарием, а практиком, приверженцем не слова, а дела. И быстро понял, что противостояние с народом обедняет государство; по образному выражению А. М. Панченко, Пётр получил самоистребляющуюся и разбегающуюся страну.
Поэтому сразу же после свержения Софьи отношение к старообрядцам смягчилось. Хотя закон о запрете деятельности раскольников и не отменили, но реально преследования прекратились. В обиход вместо слова «староверы» вошло слово «старообрядцы», — чтобы даже в филологии уйти от конфронтации, сгладить противоречия, найти общее не в обрядах, а вере, в Боге, изменить паству к новым условиям, повернуть лицом к насущным нуждам государства. Число самосожжений резко падает.
Екатерина II уже не только не преследовала старообрядцев, но даже поощряла их при переселении на завоёванные ею территории, — так же, как и иудеев, лютеран и даже иезуитов. В 1801 году её внук Александр I установил «единоверие» — компромиссную форму для объединения господствующей церкви, и церкви старого обряда. Это было очень правильное решение проблемы.