В царствование императрицы Анны Иоанновны Особая комиссия по делам строений вместе со Святейшим синодом постановила: «В Санкт-Петербурге погребению быть надлежит… на Васильевском острове у Черной речки, между 18 и 23 линиями, к какому месту дорогу расчистить от вновь наростнаго кустарнику». Но и это пространство было довольно низким, так что Святейший синод еще предписал:
Для возвышения кладбищенских мест поделать вокруг и поперек каналы, в пристойных местах устроить пруды, вынутою землей возвысить места; самые кладбища огородить деревянным забором и построить при таких кладбищах деревянные покои для жития караульным и могильщикам и для содержания всяких потребностей к погребению. А те строения, каналы, пруды и городьбу делать и впредь содержать в добром порядке из церковных доходов.
Порядок на кладбище должны были поддерживать могильщики, которым вменялось могилы копать глубиной не менее двух метров, зарывать их, потом утаптывать и делать могильный холмик высотой около 70 сантиметров. Они же обязаны были «содержать на кладбище караулы, с переменой всегда по два человека, и часы городские слушая или песочные имея, в колокол звонить по обыкновению».
Кладбищенское место на Васильевском острове принял священник Андреевской церкви Никифор Никифоров. Церкви на кладбище не полагалось, а отпевание и поминовение усопших проводилось в приходских и домовых церквах. Но какие же могли быть доходы для производства работ и содержания кладбища в порядке, если не было самого источника доходов — церкви? А у Святейшего синода не было средств на возведение храма…
По этому поводу возникла переписка между светским и духовным начальством, но только в 1760 году, уже в царствование Елизаветы Петровны, была построена деревянная церковь во имя Смоленской иконы Божьей Матери. Кладбище обнесли забором, а на западной стороне от поля его отделили еще и каналом. Наблюдение за кладбищем было поручено отставным солдатам из городской богадельни.
Губернская канцелярия считала кладбищенскую церковь своей собственностью, забирала ее доходы, а на церковные потребности внимания обращала мало, поэтому неудивительно, что со временем церковь пришла в упадок. В 1768 году церковь на Смоленском кладбище была передана в ведение Конторы экономии, и смотреть за ней поручили находящемуся при богадельне комиссар-прапорщику Петру Шураеву, под начало которого выделили трех сторожей. В 1772 году к церкви пристроили два придела, но и эта церковь, как и первая, не отличалась ни красотой, ни богатством утвари, поэтому доходы ее были весьма незначительны. Тогда Контора экономии испросила разрешения «в церкви Михаила-архангела, на Смоленском кладбище, отпевать детей, умерших от оспы», с того времени церковь стали называть еще и оспенной. За младенцами «потянулись» и взрослые покойники, и мало-помалу установился обычай отпевать и в кладбищенской церкви.