Священники и причт Смоленского кладбища жалованья никогда не получали и жили только тем, что зарабатывали служением заупокойных литургий и панихид, отпеванием покойников и поминовением их. Могильщики получали плату за рытье могил, обкладывание их дерном, за устройство надгробий, памятников и т. д.
Сначала Смоленское кладбище ограничивалось тем участком, который впоследствии стал называться Старым кладбищем. Но через 20 лет мест для погребений на нем не стало хватать, и в 1783 году к кладбищу присоединили смежный с ним участок, занятый дотоле городскими богадельнями. В том же году стараниями протоиерея Георгия Петрова в кладбищенской церкви был устроен придел во имя архистратига Михаила, но главное здание церкви к этому времени уже сильно обветшало, и тогда же было заложено каменное — с колокольней и папертью. Возведение церкви было закончено через 10 лет, а в 1808 году к ней стали пристраивать с северной и южной сторон пристройки, а над колокольней возвели второй этаж. Однако наводнение 1824 года полностью разрушило церковь. Все кладбищенские заборы были свалены, мосты и мостики уничтожены, земляные насыпи на могилах смыло водой, каменные и металлические надгробия сдвинулись с места, много памятников под напором волн было свалено. Кресты с могил унесло на Выборгскую сторону, и в Морском госпитале ими целую зиму топили печи.
Вода залила подвал церкви, уничтожила хранившийся там архив, затопила и богадельню: три старушки, спасаясь, забрались на печь, но утонули. Другие схоронились на чердаке, но их убогие пожитки были унесены водой. Кладбищенская церковь размыло до такой степени, что после наводнения служить в ней было нельзя.
Во время наводнения утонуло много людей, другие умерли впоследствии от простудных заболеваний, и потребовалось много мест для их погребения, а между тем на Смоленском кладбище уже и раньше чувствовалась нехватка площади. Император Александр I, побывав на кладбище и в церкви Смоленской иконы Божьей Матери, повелел присоединить к кладбищу пустопорожние земли. Он утешил пострадавших от наводнения старушек, приказал обеспечить их теплой одеждой и обувью и доставлять им пищу в течение трех месяцев.
В 1829 году разрушенную наводнением церковь во имя Смоленской иконы Божьей Матери разобрали и на ее месте воздвигли каменную — во имя Святой Троицы с двумя приделами: один во имя архистратига Михаила, другой — в честь мучеников Сергия и Вакха.
На Васильевском острове находились Российская академия наук, Академия художеств, Горный институт, ряд военно-учебных заведений, и Смоленское кладбище сложилось в основном как пантеон русской науки и культуры. Но еще в 1807 году причт кладбища получил от митрополита предписание — приготовить места для кавалеров Ордена святого Иоанна Иерусалимского. Сначала те были погребены на Каменном острове, но потом гробы с их останками по каким-то причинам перенесли на Смоленское кладбище, причем некоторые даже ночью. Однако в церковные книги об этом записано не было, а потому о них ничего и не известно.