За победу над чумой Ушаков получил орден Владимира 4й степени при именном указе. Адмиралтействколлегия выражала тогда благодарность Ушакову: «Отличившемуся неусыпными трудами, попечением и добрым распоряжением, через что вы по своей части гораздо скорее успели отвратить опасную болезнь, так что оная с 4 ноября больше не показывалась».
Завистливый Войнович боялся, как бы за деятельную работу по строительству в Севастополе Ушакова не отличили бы еще больше. Но этого не случилось.
В мае 1787 года Крым посетила Екатерина II. Она ехала, окруженная блестящей свитой, в сопровождении своего союзника, австрийского императора Иосифа II и посланников Франции и Англии. Императрица Екатерина хотела показать европейским государствам и Турции, что Россия укрепляется на Черном море и никому не позволит помешать в этом.
Екатерина осталась довольна поездкой. Марко Иванович Войнович тогда же получил чин контрадмирала, а Федор Ушаков – только капитана бригадирского ранга.
К приезду царицы Черноморский флот уже имел в Севастополе три корабля и двенадцать фрегатов, не считая брандеров, мелких посыльных и сторожевых судов. Молодому флоту не повезло в отношении командиров. Трое адмиралов – Шубин, Клокачев и Мекензи – умерли; двое – Козлянинов и Сухотин – затосковали по северу и както сумели отпроситься с Черного моря.
Пришлось выбирать из двух недавно произведенных адмиралов: Николая Мордвинова и Марко Войновича. Выбор царицы пал на Марко Войновича. Он был назначен командующим Черноморским флотом.
Войнович не любил, да и не умел заниматься хозяйственными делами и не очень стремился вникать в нужды вверенных ему моряков. Его всегда больше беспокоило состояние адмиралтейских ведомостей и корабельных табелей, чем, как и где живет матрос.
Марко Иванович тоже «строил», но его «строительство» шло в определенном направлении. Возле стоянки своего флагманского корабля «Слава Екатерины» он поставил на берегу гауптвахту, которую моряки называли «абвахтой». Адмирал Войнович признавал ее самым лучшим способом воспитания крепостного человека. И потому не проходило дня, чтобы возле «абвахты» не жарились бы на самом солнцепеке под ружьем и с полной выкладкой несколько матросов.
Кроме того, Войнович позаботился покрасивее отделать городскую Екатерининскую пристань.
Войнович тяготился жизнью на корабле. Он большею частью пребывал в городе, в просторном адмиральском особняке. Здесь, в центре города, стояли дома офицеров порта, поставщиков, купцов, именитых обывателей. Здесь размещалась контора над портом, где охотно бывал адмирал. Здесь в одном из магазейнов он устроил «благородное собрание», и в нем по воскресеньям играла музыка.