Испанцы начали нападение на Триполи с суши и с моря: их корабли подошли вплотную к берегу и стали обстреливать город. В ответ на это начали бить орудия из крепости, да и сами жители оказали неприятелю ожесточенное сопротивление. Во время штурма крепостных стен у главных ворот, когда испанцы хотели проникнуть в город с помощью лестниц, защитники обрушили на них град камней и стрел, кипящую воду и горящую смолу. Ожесточенная схватка длилась 4 часа, но испанцам все же удалось открыть ворота и ворваться в город. Озлобленные упорным сопротивлением, они учинили над жителями жестокую расправу, оставшиеся в живых были объявлены пленниками и проданы в рабство на рынках Сицилии и других городов Италии.
Успех вдохновил испанцев на дальнейший захват опорных пунктов в Северной Африке, и потому они стали превращать завоеванные порты в хорошо укрепленные крепости с гарнизонами. Однако торговая и экономическая жизнь Триполи приходила в упадок. В сложившейся ситуации испанцам трудно было удерживать город как опорный пункт в борьбе с Османской империей, к тому же им надо было ликвидировать базу пиратов на острове Джерба. Со временем вылазки корсаров приобрели религиозный характер, и Османская империя стала использовать пиратство в своих захватнических целях и для ослабления своего главного противника — Испании. Поэтому действия корсаров, поднявших знамя «священной войны» против испанских христиан, нашли широкую поддержку среди арабо-берберского населения прибрежной части Магриба.
Для защиты Триполи требовались большие средства, а у испанского короля Карла V их не было, поэтому он серьезно задумался над предложением рыцарей Ордена Святого Иоанна Иерусалимского о передаче им Мальты. Вскоре император Священной Римской империи сделал им встречное предложение: обещал отдать Мальту, если они возьмут на себя обязанность защищать Триполи. Однако рыцари-иоанниты сначала решили выяснить положение дел на месте и отправили в город делегацию из восьми человек. В докладе, подготовленном делегацией для Великого магистра, говорилось, что город расположен в благоприятном для здоровья месте, две трети его омываются морем, а третья часть ограждена стенами в 3728 шагов. Высота стен достигает 8–9 метров, но большая часть их в очень плохом состоянии, почти на грани разрушения, так что интенсивного артиллерийского огня они не выдержат. Нуждается в ремонте и цитадель с двумя бастионами, повернутыми в сторону города. Понимая, что защита Триполи стала бы большим бременем для Ордена, рыцари не спешили принимать предложение испанского короля. Только в марте 1530 года был подписан указ Карла V о передаче на вечные времена иоаннитам цитадели и города Триполи, острова Мальта и всего имущества, там находящегося.