Первым правителем Триполи из иоаннитов стал Гаспаре де Сангесса, который главное внимание уделил укреплению города и крепости. Но сделать это было непросто, так как доходы от таможенных сборов были незначительными. И тем не менее рыцари возвели в Триполи фортификационные сооружения, едва ли не самые лучшие в ту эпоху. Дом самого правителя и жилища рыцарей и солдат находились в крепости, где размещались также и все склады.
В первые годы своего правления рыцари-иоанниты стали взыскивать с подвластного населения налоги, причем, опасаясь выступлений против непомерных поборов, брали заложников. Местное население не признало власти рыцарей и продолжило борьбу против иноземных поработителей. Центром сопротивления оставалась, как и при испанцах, Таджура, располагавшаяся в 12 километрах к востоку от цитадели Триполи. Таджура была превращена в хорошо укрепленный населенный пункт, вход в ее маленькую гавань защищал бастион с установленными на нем крепостными орудиями. Но в 1531 году войска пирата Хайр ад-Дина Барбароссы захватили Таджуру, изгнали оттуда сторонников хафисидского султана и оставили в крепости отряд воинов, необходимое количество оружия и военного снаряжения. С захвата Таджуры началось открытое завоевание турками всей Триполитании.
Хайр ад-Дин Кирмон расположил вокруг Триполи свои войска, а в миле от городских стен — на холме Зогри — построил крепость. В ней были установлены орудия, снаряды которых наносили городу большой урон Готовясь к штурму Триполи, Хайр ад-Дин Кирман набрал в свою армию добровольцев, которые хотели изгнать со своей земли рыцарей. Получив приказ о наступлении, воины повели ожесточенную атаку на город и были уже близки к цели: рыцари оказались перед выбором — смерть или плен. Они уже готовились выбросить белый флаг, когда разнесся слух о смерти Хайр ад-Дина. Слух этот оказался ложным, но боевой дух наступавших заметно снизился, и они стали постепенно уходить с занимаемых позиций. Так совершенно неожиданно мальтийским рыцарям удалось удержать Триполи в своих руках.
Великий магистр Ордена, воспользовавшись благоприятной обстановкой, направил в Триполи подкрепление, а правитель города решил перейти от обороны к наступлению и все свое внимание направил на маленькую крепость на холме Зорги. Под натиском наступавших рыцарей войско Хайр ад-Дина отошло на 8 километров от города, и оставленная без прикрытия крепость была окружена. Осажденные, отчаявшись получить помощь от своего военачальника, в плен сдаваться тоже не хотели, они взорвали крепость и погибли вместе с первыми прорвавшимися туда рыцарями.