В 1536 году Мишель поселился в Ажене, точнее в его предместьях. Там он в первый раз женился на Генриетте Д\'Энкосс, от которой, по легенде, у него рождается двое детей. Там же он знакомится с ученым Скалигером, который становится его другом и учителем. Жюль Сезар Скалигер — ученый, врач, гуманист, филолог, литературовед, критик; он занимался исследованием древних античных текстов. Его именовали Французским Эразмом. Общение с этим человеком оказало огромное влияние на формирование мировоззрения Мишеля. В 1552 году он написал о нем: «Человек сведущий и ученый. личность, которую я не знаю, с кем можно сравнить, кроме Плутарха или Марка Варрона».
Семейная идиллия Мишеля недолга — через два года после свадьбы Генриетта умирает от неизвестной болезни. Беда не приходит одна — родители жены потребовали возврата половины приданого, а также он получает приказ от инквизитора Тулузы явиться для разбирательства в связи с его высказываниями. В это же время он порывает со Скалигером.
После всех этих ударов судьбы Мишель решается на отъезд из Ажена.
Период странствий продолжается девять лет. Об этих годах известно мало. Его в это время видели в разных городах: Венеции, Бордо, Турине, Эльзасе, Лионе.
Существует легенда о том, что Нострадамус был гениальным врачом и якобы вылечивал от чумы целые города, но это не так: он был врачом своего времени, боролся с чумой, применяя свои таблетки, приготовленные из лепестков роз, опилок зеленого кипариса, ароматического тростника. При эпидемии шарики из этих ингредиентов полагалось держать во рту. Летучие ароматизаторы «отгоняли» инфекцию, и многие, применяющие их, не заражались чумой, в борьбе с которой в 1544 году принимает участие Мишель. Это было в Марселе.
Инфекция начиналась с портовых городов, разносясь корабельными крысами. Из Марселя чума мигрирует в город Экс в Провансе; там она продолжается девять месяцев. Туда едет Нострадамус. Успехи в профилактике заболевания чумой были настолько высоки, что он в 1546 году получает награду от парламента Экса в виде «пожизненной пенсии» за успехи на медицинском поприще.
Чума свирепствовала. Первая ее вспышка была в 1347 году. Она опустошила территорию от Китая до Европы, унося миллионы жизней. На протяжении 300 лет чума была бичом Европы. Но она и после периодически возвращалась, никто не знал, как бороться с ней.
В XVII веке в Лондоне от чумы умерло 35 тысяч человек, позже — около 20 тысяч.
Мишель бороздит провансальскую землю, там, где он появляется, чума отступает.
Успех обусловлен соблюдением правил гигиены и применением его необычайных пилюль.