После же распада турецкой империи в XIX веке Боснию и Герцеговину оккупирует австро-венгерская империя и граница водораздела между православием и католицизмом передвигается условно на восток - на реку Дрину, а точнее на административные границы православных государств Сербии и Черногории с одной стороны и римокатолической австро-венгерской империей с другой. Борьба против католической экспансии продолжалась. На ее пути стояли небольшие свободолюбивые славянские государства, отстоявшие свою независимость в огне длительной национально-освободительной борьбы против турецкого пятивекового ига. При этом объективные исторические факты говорят о том, что длительную борьбу сербского и черногорского народа за свою свободу православная церковь поддерживала всегда как могла, а в период мощного народного восстания 1804-1813 годов она прямо встала на сторону восставших. Герой восстания протоиерей Матия Ненадович, близкий соратник Карагеоргия, был не только его секретарем, дипломатом, и священнослужителем в войсках, но при необходимости и командующим большими подразделениями, нередко сам участвовал в кровопролитных рукопашных схватках с поработителями.
В первой мировой войне, когда небольшая Сербия в 1914 году отклонила ультиматум Габсбурской католической империи, православная сербская церковь опять стала на сторону своего свободолюбивого народа и помогала,чем могла В 1939 году Ватикан попытался внести раскол в сербскую православную церковь, предложив под большим политическим нажимом подписать так называемый «конкордат», договор, несущий большие уступки католицизму по типу грекокатолической церкви униатов в Западной Украине. Сербский патриарх Варнава обратился к народу, получил его массовую поддержку и отбросил притязания Ватикана. Натиск католицизма был отбит, но патриарх Варнава в наказание за непослушание был отравлен.
И в период второй мировой войны 1941-1945 годов нередко в партизанских отрядах и в народно-освободительном движении можно было встретить православных священнослужителей. Таким был, например, поп Зечевич, примкнувший к восставшему народу и впоследствии участвовавший в высших органах народной власти на создаваемых партизанами свободных территориях. Таковым был священник Николич Иван, участник восстания против немецких завоевателей, активный участник сопротивления, за что четники, поймав его, зарезали финкой. Можно привести десятки имен священнослужителей, вставших в то трудное время на сторону восставшего и боровшегося за свою свободу народа.
Конечно, нельзя умалчивать и о том, что когда православная церковь становилась государственной религией, она примыкала к господствующим классам. Но эти факты мирного времени не должны заслонять и историческую истину, что в трудные годы борьбы за свободу православная церковь была всегда на стороне народа.