«Теория натурализма» (З. сохранил выдвинутый им термин) который по сути дела он в зрелые годы отождествлял с реализмом) обоснована З. в работах «Экспериментальный роман» (1880), «Романисты-натуралисты» (1881), «Литературные документы» (1881). Физиологический аспект снижал интеллектуальную силу персонажей З. по сравнению с героями Бальзака. Но в «Ругон-Маккарах» французский реализм одновременно и расширил свои границы, запечатлев образы таких «экономических организмов-гигантов» (по выражению П. Лафарга), как шахта, железная дорога, биржа, проанализировав их влияние на человеческий характер. В драматургическом наследии З. наиболее значительны драма «Тереза Ракен» (пост. 1873) и комедия «Наследники Рабурдена» (1874). Рост социалистических тенденций в рабочем движении 90-х гг. позволил З. («Речь к юношеству», 1893) увидеть «... в поднимающемся социализме зачаток социального закона будущего, закона труда для всех...» (цитата по книге: Толстой Л. Н., Полное собрание сочинений, т. 29, 1954, с. 181). Герой трилогии «Три города» («Лурд», 1894, «Рим», 1896, «Париж», 1898) интеллигент Пьер Фроман подвергает научной экспертизе христианскую веру и открывает у её истоков эксплуатацию невежественной толпы, грубую торговлю «чудом». Свою мечту о грядущем торжестве разума, труда З. воплотил в незавершённой социальной утопии-тетралогии «Четыре евангелия» («Плодовитость», 1899, «Труд», 1901, «Истина», 1903, посмертно, «Справедливость», не завершена). В 1898, во время Дрейфуса дела, З. поднял голос против клерикальной и военной реакции (сборник статей «Истина шествует», 1901). Письмо З. президенту республики «Я обвиняю» (опубликовано в газете «Орор» — «L'Aurore», 13.1.1898), по выражению Ж. Геда, — самый революционный акт века. Буржуазная Франция приговорила 23 февраля 1898 писателя-гражданина к тюремному заключению. З. удалился в изгнание (вернулся в 1899).
З. мечтал создать театр для народа. В цикле драм «Франция шествует» он намеревался продолжить битву с Третьей республикой, в которой под революционной вывеской властвовал монархический дух. Замысел не был реализован. З. внезапно скончался от отравления угарным газом.
Прямое влияние З. испытали писатели разных стран. В России произведения З. с 1872 печатались порой раньше, чем во Франции. В 1875—80 З. благодаря посредничеству И. С. Тургенева сотрудничал в журнале «Вестник Европы». Глубокий отклик в России породило письмо «Я обвиняю». После Великой Октябрьской социалистической революции наследие З. высоко оценили А. В. Луначарский и М. Горький. «По романам Эмиля Золя, — сказал Горький, — можно изучить целую эпоху» (Собр. соч., т. 25, 1953, с. 94).