В этом контексте «Матрица» также становится повествованием о сомнениях, которые обуревают избранного, о медленном постижении истины и об открытии, к которому он приходит в конечном итоге: это он — и никто иной — является спасителем. Сначала Андерсона необходимо убедить в том, что пространство, в котором он живет под именем Нео, позволило ему мельком увидеть подлинную реальность, тогда как его повседневная жизнь в качестве Томаса Андерсона в действительности является ложным сознанием, миром Матрицы, в котором, по ощущениям, все чудовищно неправильно, хотя он ничем не может этого доказать. Эта мысль мучает героя, словно «заноза в мозгу».
Сначала Нео встречается с Тринити, в образе которой сквозит слегка андрогинная женственность в контрапункт слегка адрогинной мужественности самого Нео. Именно она приводит Нео к Морфеусу. Тринити — это очевидный намек на библейскую идею триединого Бога, состоящего из Отца, Сына и Святого Духа. Из-за того, что Бог издавна воспринимается как патриарх, юмористический эффект заложен в словах, которые Нео говорит Тринити: «А я-то всегда думал, что ты парень». Известно также, что слово «троица» ни разу не появляется на страницах Библии. Во время второго разговора Нео с Морфеусом, когда он очнулся после допроса, Морфеус предстает в роли Иоанна Крестителя, говоря Нео: «Ты искал меня несколько лет, зато я искал тебя всю свою жизнь». В то же время Морфеус играет и роль Бога Отца по отношению к Нео и к остальным участникам маленькой группы бунтовщиков. Значительную часть фильма Морфеус обучает Нео, рассказывая ему о природе «реальности» как противоположности миру Матрицы. Когда Морфеуса захватывают агенты, Тринити говорит над его беспомощным телом: «Нет, он гораздо больше, чем это. Он нам как отец».
Чтобы присоединиться к Морфеусу и Тринити и испытать глубину подлинной реальности, Нео необходимо родиться заново. Когда его подготавливают к процедуре инициации, Сайфер говорит ему: «Пристегнись, Дороти, потому что сейчас тебе придется попрощаться с Канзасом». Герой Ривза в буквальном смысле рождается заново. Он появляется в новом мире в том, что визуально выглядит как рождение из биотехнического лона, которое выплевывает его как новорожденного младенца — лишенного волос, невинного, покрытого слизью и с широко раскрытыми от ужаса глазами. Он видит, что лишь ему одному среди миллионов запертых в матках людей, служащих батарейками для компьютеров Матрицы, удалось вырваться из скорлупы. Матки-капсулы слегка прозрачны, что позволяет их обитателям хотя бы краем глаза видеть ту реальность, в которой они порабощены. Это намек на то, что каждый может освободиться, последовав примеру спасителя. (В этих кадрах также содержится визуальная отсылка к «звездному ребенку» «Одиссеи 2001».)