В 1779 году своим указом Екатерина II освободила курильцев, принявших русское подданство, от всех податей. В изданном в 1787 году по Высочайшему повелению императрицы «Пространном землеописании Российского государства...» приведен список Курильских островов, «коих теперь под Российским владением считают 21...». 21-м островом был Шикотан, а о 22-м, Матсмае, говорилось, что в южной его стороне имеют японцы город, а сколь далеко простирается их владение в северной стороне Матсмая — неизвестно.
Между тем реальный контроль над островами, расположенными южнее 18-го (Урупа), у русских отсутствовал. В рапорте штурмана Ловцова, побывавшего в 1794 году на Матсмае, сообщалось: «Курильцы, как на 22-м, так и на 19-м, 20-м и 21-м островах обитающие, японцами почитаются за подданных их и употребляются ими в тяжкие работы... А от того приметно, что все курильцы крайне японцами недовольны... В 1788 году в мае одно японское торговое судно пришло на Матсмай. Курильцы сделали нападение на судно. Всех 75 японцев убили, а товары, взяв, разделили. Из Матсмая был прислан чиновник — 35 человек казнил...»
В 1799 году по приказу центрального правительства Японии два княжества основали заставы на Кунашире и Итурупе, а с 1804 года охрана этих островов велась уже постоянно.
Попытка возобновить переговоры с японцами о торговле была предпринята в 1805 году, когда в Нагасаки — единственный в Японии порт, куда разрешалось заходить иностранным судам, — прибыл в качестве чрезвычайного посла учредитель Российско-Американской Компании (РАК), действительный статский советник Николай Резанов. Однако его аудиенция у губернатора потерпела неудачу. В переданных японской стороной актах окончательно формулировался отказ от торговых отношений с Россией. Что касается русских кораблей, то им было предложено на якоре не останавливаться и скорее отправляться от японских берегов. Оскорбленный отказом Резанов дал понять японским чиновникам, что у русского императора есть способы научить относиться к нему с уважением. В своем докладе царю он также сообщал, что японские вельможи, страдающие от деспотизма духовного владетеля «даири», намекнули ему, Резанову, что японцев надлежит «пошевелить» с севера и удалить некоторую промышленность — это якобы даст повод японскому правительству к установлению торговых отношений с Россией... Исполнить этот «намек» Резанов поручил лейтенанту Хвостову и мичману Давыдову, составив экспедицию из двух судов.
В 1806 году Хвостов изгнал японцев с Сахалина, уничтожив в заливе Анива все фактории. В 1807 году на Итурупе им было сожжено японское селение, а товары из магазинов розданы курильцам. На Матсмае Хвостов захватил и разграбил 4 японских судна, после чего оставил матсмайскому губернатору бумагу следующего содержания: «Россияне, причинив ныне столь малый вред японской империи, хотели им показать только чрез то... что дальнейшее упрямство японского правительства может совсем лишить его сих земель».