Полагая, что пиратские набеги Хвостова санкционированы русским правительством, японцы приготовились к ответным действиям. Именно поэтому вполне миролюбивое появление на Кунашире в 1811 году капитана Василия Головнина закончилось его пленением и заточением более чем на 2 года. Только после того, как Матсмайскому губернатору из Охотска были доставлены официальные правительственные бумаги, в которых говорилось, что «Хвостов и Давыдов были судимы, найдены виновными, наказаны и уже не находятся в живых», Головнин и его друзья получили свободу.
После освобождения Головнина иркутский губернатор запретил русским кораблям и байдарам ходить далее 18-го острова (Урупа), на котором с 1795 года существовала колония Российско-Американской Компании. Фактически к середине XIX века пролив между Урупом и Итурупом стал служить границей между государствами, что и зафиксировал трактат 1855 года, подписанный адмиралом Путятиным в японском городе Симода. В секретном наставлении Путятину, завизированном Николаем I, было написано недвусмысленно: «Из островов Курильских южнейший, России принадлежащий, есть остров Уруп, которым мы и могли бы ограничиться...».
Договор 1855 года оставил неопределенным статус Сахалина, и в 1875 году в Санкт-Петербурге был подписан новый договор, по которому Япония отказывалась от прав на Сахалин, получая взамен все Курилы вплоть до самой Камчатки. Айны с Сахалина не стали брать российское гражданство и переехали на Хоккайдо. Айны северных Курил решили остаться на своих островах, тем более что РАК, у которой они находились в фактическом рабстве, прекратила свою деятельность в 1867 году. Приняв японское подданство, они сохранили русские фамилии и православную веру. В 1884 году японское правительство переселило всех северокурильских айнов (их было не более 100) на Шикотан, насильно превратив их из рыбаков и охотников в земледельцев и скотоводов. В то время население Южных Курил, сосредоточенное преимущественно на Итурупе и Кунашире, составляло около 3000 человек, из которых 3/4 приходилось на японцев.
После поражения России в Русско-японской войне в Портсмуте в 1905 году был подписан договор, по которому южная часть Сахалина (ниже 50-й параллели) также отходила Японии. В 1920 году Япония оккупировала и северную часть Сахалина, где начала интенсивные нефтеразработки. Историк Дмитрий Волкогонов обнаружил свидетельства того, что Ленин в 1923-м был готов продать японцам северный Сахалин, и Политбюро собиралось запросить за него 1 млрд. долларов. Однако сделка не состоялась, и в 1925 году в совместной декларации в Пекине были подтверждены положения Портсмутского договора.