Редкий человек мог выдержать подобный ритм жизни, но для Макиавелли таких проблем не существовало, более того, именно такая жизнь была для него единственно приемлемой. Тем ужаснее стала полнейшая бездейственность, обрушившаяся на него после падения Флорентийской республики. 11 апреля 1512 года после ожесточеннейшей битвы под Равенной между французскими войсками и объединенными силами «Священной Лиги», созданной все тем же Папой Юлием II для изгнания французов из Италии, Франция была вынуждена покинуть Ломбардию. Результатом этих событий являлось спешное бегство Пьеро Содерини из Флоренции и восстановление там власти Медичи. Макиавелли не только лишился должности, но и был выслан из города. Через год был раскрыт заговор против власти Медичи, в числе прочих был заподозрен и Макиавелли. В марте 1513-го он оказался в тюрьме, где его подвергли пыткам. Заточение длилось несколько месяцев, освобожден он был в результате амнистии, объявленной по причине избрания Джованни Медичи Римским Папой, нареченным Львом X.
Но разрешения жить во Флоренции Макиавелли так и не получил, поэтому ему пришлось перебраться в свое небольшое имение Сант-Андреа, находящееся недалеко от города. Полнейшая невостребованность приводила его в бешенство: «Так долго продолжаться не может, такая бездеятельная жизнь подтачивает мое существование, и если бог не сжалится надо мною, то в один прекрасный день я покину свой дом и сделаюсь репетитором или писарем у какого-нибудь вельможи». Но сделать что-то для улучшения своей участи он так и не смог. Медичи не намерены были доверить бывшему секретарю Республики ни одного государственного поручения, и это угнетало его больше всего: 15 лет находиться в самой гуще важнейших политических событий, приобрести неоценимый опыт и остаться не у дел. Лишь с 1516 года он получил разрешение изредка навещать своих друзей во Флоренции.
В 1522-м раскрывается новый заговор против Медичи, и Макиавелли с трудом удается избежать обвинений в причастности к нему. Надежды на получение должности хотя бы от Лоренцо II Медичи, правившего во Флоренции с конца 1513 года после отъезда Джованни Медичи в Рим, не оправдались. Ему предлагали стать секретарем кардинала Просперо Колонна в 1522 году, но он отказался — слишком сильна была его неприязнь к церковникам. Звали его и во Францию, но это для Макиавелли было исключено — он не желал покидать Флоренцию. Позже он сказал по этому поводу: «Предпочитаю умереть с голоду во Флоренции, чем от несварения желудка в Фонтенбло».
В 1525 году Макиавелли приехал в Рим, чтобы вручить Папе Клименту VII, по заказу которого он писал «Историю Флоренции», первые ее восемь книг.