19 марта 1918 г. постановлением Совнаркома вводятся следующие должности: председателя ВВС (им стал нарком по военным делам Лев Троцкий), членов Совета и двух их заместителей. Среди членов Совета был и упоминавшийся выше генерал Н. М. Потапов.
В мае того же года при ВВС создаются оперативное и организационное управления. В июне ВВС был преобразован. В его управление вошли: военный руководитель — им по-прежнему оставался Бонч-Бруевич, начальник штаба и штаб ВВС. Руководящие должности в аппарате ВВС занимали бывшие офицеры Главного управления Генерального штаба, в том числе и кадровые русские разведчики. Так, заместителем одного из военных руководителей назначили бывшего генерал-майора Генерального штаба талантливого русского разведчика Александра Александровича Самойло. Помощником начальника Оперативного управления Высшего военного совета по разведке были сначала полковник Генштаба Александр Николаевич Ковалевский (апрель-май 1918 г.), а затем полковник Генштаба, знаменитый впоследствии Борис Михайлович Шапошников (май-сентябрь 1918 г.), одновременно являвшийся и начальником Разведотделения.[56]
Интересна дальнейшая судьба обоих полковников. Ковалевский вскоре переберется на Юг, где возглавит мобилизационное управление штаба Северо-Кавказского военного округа. Здесь его вместе с генералом Носовичем арестует Сталин, однако по настоянию Льва Троцкого их освободят и Ковалевского назначат начальником оперативно-разведывательного отдела штаба Южного фронта. После бегства Носовича к белым Ковалевского вновь арестуют и расстреляют.
В отличие от своего предшественника, полковник Шапошников честно служил Советской власти. Позднее он возглавит Генштаб РККА и станет Маршалом Советского Союза.
На первых порах ВВС организовывал разведку на базе партизанского движения. В рамках Высшего военного совета существовал штаб партизанских формирований и отрядов, включавший в себя и разведывательный отдел. Задачей отдела была организация широкомасштабной разведки в оккупированных областях и в прифронтовой полосе, подготовка тайной агентуры на случай дальнейшего продвижения немецких и австро-венгерских войск вглубь России. В качестве агентуры предполагалось использовать жителей оккупированной полосы и партизан, причем агентов следовало вербовать только из «элементов, социально близких советской власти».
Как вспоминал в уже цитировавшейся книге В. М. Цейтлин, этот штаб «объединял действия всех отдельных отрядов, затем постепенно выросли западная и северная завесы, составлявшие как бы подвижный партизанский фронт мелких отрядов, оборонявших важнейшие направления, железнодорожные и другие пути сообщения, узлы железных дорог и т. д. Появились штабы западной и северной завесы, штабы отдельных отрядов и районов. В штабах появились разведывательные отделения, начали поступать сведения, появляются первые схемы и сводки».