Юстиниан видел главную военную силу империи в посаженных на землю переселенцах.
По его инициативе начали строиться пограничные опорные поселения, где жили воины-колонисты, так называемые акриты. Акритыпользовались самоуправлением и получали обычно щедрые денежные вознаграждения из казны. Однако попытки Юстиниана создать армию из славян и других народностей закончились неудачей. Когда в 692 году Юстиниан нарушил мир с арабами, продвижение византийской армии в Сирию обернулось катастрофой. Славянские переселенцы в бою под Севастополем (в Армении) перешли на сторону арабов; в результате поражения византийцам пришлось отказаться от Армении, чтобы купить мир.
Правительство Юстиниана обложило население тяжелыми налогами. Финансовое управление возглавлял опытный, но бесцеремонный финансист Стефан Перс, наделенный неограниченными полномочиями. Его власть была настолько велика, что он, по словам Феофана, приказал как-то высечь мать императора Анастасию, не подчинившуюся его распоряжениям. Это было время арестов, конфискаций имущества и казней знатных горожан. Налоговое бремя легло также и на городскую знать, и выполнения государственных повинностей (в особенности по строительству) требовали от нее с беспощадной строгостью. За медлительность в постройке зданий работников били камнями. Страдало и население деревни. Бегство крестьян сделалось обычным явлением.
Наиболее тяжелым было положение в Армении — области, где не прекращались военные столкновения арабов и византийцев. В Армении развернулось еретическое движение.
Византийцы называли армянских еретиков манихеями, и, может быть, действительно традиции учения Мани еще сохранялись в Армении. Юстиниан приказал самым свирепым образом расправиться с приверженцами ереси. По сообщению Петра Сицилийца, еретиков сжигали живыми.
В 692 году в Трулльском зале Константинопольского дворца был созван так называемый Пятошестой (т. е. дополняющий решения V и VI соборов) собор, осудивший еретиков, и особенно манихеев. Предписывалось в проповедях точно придерживаться учения церкви, а книги, не вошедшие в канон и считавшиеся апокрифическими, — сжечь.
Строго возбранялось, под угрозой отлучения, непосвященным проповедовать в храме: «Не мудрствовать паче, еже мудрствовати подобает» Верующие должны были считать себя только овцами, священник — пастырем. «Почто твориши себе пастырем, будучи овцою?» Духовенству и монахам было запрещено создавать тайные организации — фратрии. Особенно много положений собора касается монашества. Общая тенденция их — прикрепить монахов к монастырям; даже затворникам-безмолвникам не разрешалось приступать к «подвигу», пока в течение трех лет не докажут они в монастыре свою дисциплинированность Собор осудил бродячих монахов, которые проповедовали среди мирян, и предписал, чтобы такие монахи закреплялись за монастырями и бросили бродяжничество. Строго запрещался выход из монастырей без соответствующего разрешения игумена.