В силу ктиторского права отдельные монастыри переходили в руки частных собственников. Собор потребовал неприкосновенности монастырской собственности и для лиц, превращающих монастыри в «мирские обиталища», ввел церковное наказание. Духовенству запрещалось заниматься ростовщичеством. Собор осложнил отпуск рабов на свободу, прежде требовалось два свидетеля — теперь не менее трех.
Свирепые казни и конфискации, суровое обложение налогами городской знати, необдуманно строгое обращение Юстиниана со своими приближенными военными — все это создало почву для заговора. Распространился слух, что Юстиниан намерен произвести массовые убийства жителей Константинополя, начиная с патриарха. Под влиянием этих слухов созрел заговор и в конце 695 года произошел переворот.
Заговорщики сумели убедить известного полководца, отличившегося в Армении, патрикия Леонтия, стать во главе недовольных. Народные массы на ипподроме, руководимые венетами, с криками. «Сокрушим кости Юстиниана!» — бросились на дворец. Юстиниана схватили, отрезали ему нос и сослали в Херсон. Императором был провозглашен Леонтий (695–698), ставленник константинопольской сановной знати.
В конце VII века арабами был взят Карфаген. Леонтий направил в Африку сильное войско, которое сумело вытеснить арабов из Карфагена. Однако удержаться в нем византийцы не смогли и окончательно оставили Карфаген весной 698 года. В неудаче стали обвинять Леонтия. Особенно волновались моряки, провозгласившие императором своего предводителя Апсимара. Начался поход флота против столицы. За спиной моряков стояла провинциальная военная знать. Горожане оказали сопротивление, но среди них не было согласия.
В силу традиционной вражды цирковых партий прасинов к венетам прасины выступили против Леонтия. К тому же распространившаяся чума подорвала силы горожан. После четырехмесячной осады Константинополя фемными войсками, сосредоточенные в столице «внешние», т. е. провинциальные, архонты, охранявшие стены города у Влахерн, сдали Константинополь Апсимару (698). Столица была жестоко разграблена моряками, множество знатных убито, изгнано, их имения конфискованы, Леонтий был свергнут. Ему тоже отрезали нос и сослали в монастырь. Императором был провозглашен Апсимар, принявший имя Тиверия III (698–705). Правительство Апсимара прекратило изнурительные для моряков походы, к тому же не дававшие никаких выгод фемной знати. Все устремления Апсимара были направлены на войну с арабами за Армению. Война велась с переменным успехом. Сначала византийцы одержали крупную победу над арабами под Самосатой — причем, как уверяет Феофан, было убито до 200 000 арабов и захвачена богатейшая добыча. Но арабы повели наступление в Армении, и провинция 4-я Армения была ими захвачена. Посланные в Армению византийские отряды стали вытеснять арабские войска с занятых ими территорий. Армянская знать все в большей мере переходила на сторону Византии.