Для Дионисия подготовка к новой войне с карфагенянами стала первоочередной задачей. Он понимал, что только в такой войне может найти оправдание дальнейшее существование основанного им режима.
Уже в 404 году, пользуясь внутренними трудностями Карфагена, он начал наступление на независимые сикульские общины и таким образом денонсировал соглашение с карфагенянами, на которое он вынужден был пойти в 405 году. Новое большое восстание сиракузян на рубеже 404–403 годов прервало начатую кампанию, но лишь на короткое время. Подавив оппозицию, Дионисий немедленно возобновил наступление на сикульские и греческие города Восточной Сицилии и вел его столь успешно, что к 399 году установил свой контроль над всей этой частью острова.
В 398 году Дионисий начал новую войну с Карфагеном, открыто провозгласив своей целью полное изгнание карфагенян из Сицилии. Он, практически не встречая сопротивления, дошел до ее западной оконечности. Благодаря осадным машинам новой конструкции и с помощью большого флота, ему удалось даже подчинить островной город Мотию. Неожиданно быстрым и легким казалось освобождение греческих городов от карфагенского ига.
Однако в следующем году пунийский военачальник Гимилко сумел отвоевать не только Мотию и другие утраченные поселения, но и вынудить противника снять осаду с Сиесты. Дионисий проводил свои военные операции в области, сиканское население которой выступило на его стороне только под давлением обстоятельств. Кроме того, он испытывал трудности со снабжением армии, поэтому благоразумно решил отступить в Сиракузы. В результате Гимилко на северном побережье прорвался на восток и разрушил союзный тирану город Мессану. После этого сикулы за немногим исключением перешли на сторону пунийцев. Те, кто получил область Наксоса, построили с помощью Гимилко на господствующей высоте крепость Тавромений.
Дионисий перевел поселенных в Катане кампанских наемников в хорошо защищенную Этну, возводил укрепления в Леонтинах и пополнял поредевшие войска вольноотпущенными и наемниками. В это время флот под командованием его брата Лептина потерпел ощутимое поражение, позволившее вражеской армаде войти в Большую гавань Сиракуз. Тирану ничего не оставалось, как укрыться в своей крепости. Вся область его господства на востоке Сицилии отошла продвигающемуся вперед Гимилко; греческие союзники рассеялись по своим родным городам; оставшееся войско в Сиракузах было окружено с суши и моря.
Но Дионисию снова, как и девять лет назад, помогла эпидемия, охватившая пунические войска. Лептин и Фукилид по его приказу вошли в гавань и уничтожили вражеский флот. Таким образом к концу лета 396 года Сиракузы были освобождены.