Немного освоившись, Дюбуа сразу начал каждую свободную минуту уделять обширным раскопкам, которые вел на свою заработную плату. Он производил раскопки в нескольких пещерах в окрестностях Паданга, но безрезультатно. Прошел год, второй, третий, но питекантроп все еще не был найден.
Но счастье заключалось в том, что Дюбуа был человеком настойчивым и упорным, что он не отказался от поисков из-за непосильных финансовых расходов и безуспешных раскопок, случилось так, что во время длительных неудач он раздобыл обломок человеческого черепа, найденный на острове Ява в 1889 г. ван Ритшотеном в мраморных каменоломнях у поселка Вадьяк. После составления черепных обломков в одно целое Дюбуа понял, что этот череп не принадлежит яванцу. Вадьякский череп навел его на мысль попросить перевода на Яву, где, как он предполагал, дело пойдет лучше, чем на Суматре. И его предположение оправдаюсь. В 1891–1892 г.г. его раскопки увенчались успехом. В 1891 г. он нашел на берегу реки Соло, около селения Триниль, на глубине 15 метров большой коренной зуб, затем черепную крышку с заметно развитым надглазничным валиком, а в 1892 г. бедренную кость и еще один коренной зуб. Все эти костные остатки были обнаружены не вместе, но не далеко друг от друга, причем все в одном и том же слое. Дюбуа был убежден, что все остатки принадлежат одной и той же особи, которая, по-видимому, стала жертвой извержения вулкана вместе с крупными и мелкими животными, кости которых лежали тут же в тринильском вулканическом туфе. Позднее кости, очевидно, попали в русло реки Соло и вода их разобщила.
Уже в 1894 г. Дюбуа опубликовал на немецком языке обширный труд о своих находках, который он назвал: ((Pithecanthropus erectus, menschenahnliche ubergangsform aus Java“ („Питекантроп прямоходящий, человекоподобная переходная форма с острова Явы“)). Дюбуа предполагал, что он действительно нашел существо, которое по форме, строению и размерам костей можно считать стоящим на более высокой ступени развития, чем человекообразные обезьяны, однако на гораздо более низкой, чем человек, то есть существом, которое, по Геккелю, представляет собой переходное звено между человекообразной обезьяной и человеком. Поэтому Дюбуа и назвал открытое им существо питекантропом, добавив к нему видовое название эректус, то есть прямоходящий, так как форма бедренной кости наглядно свидетельствовала о его выпрямленной походке.
Пока вокруг этого питекантропа разгорались научные споры, Дюбуа продолжал производить около Триниля дальнейшие раскопки, но так как они оказались безрезультатными, он в 1895 г. вернулся в Голландию. В это время его питекантроп уже прославился в научных кругах и находка стала предметом дискуссий.