Хотя научные дебаты о питекантропе и выяснили многое, все же находка постоянно вызывала новые сомнения и проблемы. Наиболее серьезными вопросами были следующие: 1) принадлежат ли описанные костные остатки действительно одной и той же особи; 2) каков геологический возраст слоев, в которых эти остатки были найдены (Дюбуа относил их к плиоцену, то есть к самому концу третичного периода); 3) был ли питекантроп обезьяной, человеком пли переходным звеном между ними?
Разные ученые высказывали различные мнения. Если первый вопрос оставался все время открытым, то на второй был получен ответ благодаря определению костей животных, которые были собраны особой экспедицией, посланной в 1907 г. с этой целью на Яву в Триниль. Благодаря богатому сбору скелетных остатков млекопитающих было установлено, что тринильскпй слой, в котором Дюбуа нашел остатки питекантропа, относится не к третичному периоду (плиоцену), а к раннечетвертичному, или к плейстоцену, причем не к его началу, а к середине. Это утверждение опровергло предположение Дюбуа о том, что питекантроп относится к третичному периоду (плиоцену). По мнению Дюбуа, третичный период был теоретически наиболее подходящим, и поэтому он стоял именно за этот геологический период. Но последний вопрос, который все настойчивее выступал на передний план, не мог быть удовлетворительно разрешен, потому что материалы Дюбуа для этого были недостаточными. Необходимо было найти новые, более полные остатки.
Долголетние раскопки около Триниля вызвали, совершенно естественно, большой интерес у местного населения, и жители тоже начали собирать кости и зубы, которые река Соло при разливе вымывала из туфовых слоев по берегам. В Триниль приходили путешественники в надежде купить за несколько центов череп питекантропа, что означало бы для них не только славу, но и обогащение. Но все эти устремления оставались пока безуспешными. Кости других питекантропов находились неизвестно где и не были найдены. Но, несмотря на это, быстро приближалось то время, когда на Яве были найдены новые питекантропы. Большая заслуга в деле их нахождения и изучения принадлежит Г. Г. Р. фон Кёнигсвальду, в настоящее время профессору исторической геологии и палеонтологии Утрехтского университета в Голландии. На Яву он приехал в 1927 г., где в качестве палеонтолога поступил на службу к голландцам, производившим геологические исследования.
Первая находка черепа другого яванского питекантропа была сделана не около Триниля, а около поселка Моджокерто (близ Сурабайи, на востоке Явы), который находится в области, имеющей большое экономическое значение благодаря наличию залежей нефти. Найденный череп был невелик и на первый взгляд был очень похож на детский. Но объем черепной коробки был меньше, чем у современного ребенка. Так как находка была обнаружена в слое значительного геологического возраста, было ясно, что это детский череп какого-то очень древнего типа человека. Неужели в самом деле этот череп принадлежит ребенку какого-то питекантропа? Это казалось наиболее правдоподобным, и вскоре выяснилось, что это действительно так. Когда находка должна была быть описана под названием Pithecanthropus modjokertensis, из Голландии, от Дюбуа, который в то время уже был профессором минералогии, геологии и палеонтологии в Амстердамском университете, поступил резкий протест: Дюбуа утверждал, что питекантроп не является человеком, а поэтому детский череп из Моджокерто, имеющий вид человеческого, не может принадлежать питекантропу. Протест Дюбуа послужил причиной к тому, что детский череп получил название Homo modjokertensis, то есть „моджокертский человек“, но в тексте работы о нем все-таки говорится как о черепе ребенка питекантропа. Термин был некоторой уступкой Дюбуа; он мог только вызвать хаос в точном и правильном обозначении отдельных представителей ископаемых людей.