Флорентийское государство, в котором еще не устоялись новые институты, тяжело переживало и уменьшение территории: вследствие французского вторжения Пиза получила независимость, а Ливорно французы пока удерживали за собой, но ему грозила опасность перейти в руки их врага — императора Максимилиана.
Для противодействия внутренним и внешним угрозам новому правительству пришлось отказаться от политики финансового равновесия. В 1498 году оно вернулось к практике принудительных займов, что больно ударило по городской верхушке. После краткого времени надежд преодоленный было кризис вспыхнул с новой силой.
Положение самого Савонаролы становилось все более шатким. Он вызвал гнев Александра VI своей чрезмерно резкой критикой папства. Война доминиканца с Римом, начавшаяся в 1496 году по поводу нарушений монашеской дисциплины, протекала на фоне религиозного фанатизма. Савонарола отменил масленичные увеселения, заменив их покаянными процессиями. В 1497 году по его указанию дети во всем городе начали доносить на тех, кто в их семьях нарушал благочиние и благочестие. С помощью своих малолетних помощников фра Джироламо конфисковал музыкальные инструменты, украшения, маски, благовония, картины с изображением обнаженных, поэтические книги — все, что говорило об удовольствиях и радости жизни. На масленичный вторник 1497 года все эти предметы были сложены на площади Синьории и преданы торжественному сожжению. «Костер сует», повторенный Великим постом следующего года, стал апогеем благочестивой реакции на распущенность предшествующей эпохи с ее попыткой гармоничного синтеза вероучения, философских теорий и символики.
Но победа пуританского ригоризма была слишком полной, чтобы стать долговечной. Враги Савонаролы, брат Мариано да Дженаццано, ставший генералом ордена августинцев, и флорентийские францисканцы, в своих проповедях объявили доминиканцу беспощадную войну. Город непрестанно поражали невыносимые язвы: голод, чума и страшная, неизвестная дотоле болезнь — сифилис, разносившийся, по слухам, французскими солдатами. Ко всем этим бедам добавлялась взаимная ненависть разных партий. Все вместе посеяло в народе полнейшее отчаяние. Этим пытался воспользоваться Пьеро Медичи: в апреле 1497 года он попробовал захватить город, но бесславно провалился. Ему на помощь пришел кардинал Джованни. 13 мая 1497 года он добился от папы бреве об отлучении Савонаролы от Церкви. Анафема подействовала не сразу, но постепенно сомнения вместе с насмешками «бешеных» бросили тень на облик доминиканца-пророка и его последователей. Церкви опустели, кабаки и бордели наполнились. Фанатики Савонаролы словно растворились в пространстве: открытое письмо в его защиту перед римской курией, лежавшее в Сан-Марко весь июнь месяц, собрало всего 370 подписей... Но падение авторитета партии «плакс» (по крайней мере среди магнатов) не означало ослабления мер против сторонников возвращении Медичи.