Летом республика вырвала признательные показания у друга Пьеро Медичи Ламберто Далл'Антеллы. Арестовали четырнадцать именитых лиц, среди которых некоторые были завсегдатаями проповедей Савонаролы. Их обвинили в подготовке нового вторжения Пьеро Медичи в город, назначенного на середину августа.
Суд был суровый. На нем судили и Лукрецию, дочь Лоренцо, жену Якопо Сальвиати, но она при всех треволнениях оставалась в городе и без труда оправдалась. Конфискация имущества обвиняемых должна была принести финансам республики 200 тысяч дукатов. Пятерых из них поспешно казнили 21 августа. Бывшему гонфалоньеру Бернардо дель Неро было семьдесят три года; еще недавно он с честью управлял государством. Но его обвинили в том, что он не отрекся от семьи Лоренцо. Остальные осужденные были тесно связаны с Медичи. Джованни Камби был их агентом в Пизе, Джанноццо Пуччи — торговым партнером. Никколо Ридольфи женил сына на сестре Пьеро Медичи. Наконец, Лоренцо Торнабуони, сын Джованни, приходился Великолепному троюродным братом.
Эта дикая внезапная казнь была похожа на месть покойному Лоренцо. Умеренно настроенные граждане Флоренции с ужасом увидели, что пуританские крайности «плакс» не идут на убыль. Открытый бунт Савонаролы против Рима, непризнание им папского наказания, новый «костер сует» в 1498 году вывели «бешеных» из себя. Прямо у костра, невзирая на противодействие стражников, они останавливали детей и святош, вырывали кресты у них из рук, швырялись в процессию гнилыми фруктами и дохлыми кошками. В марте синьория, следуя папскому предписанию, запретила Савонароле читать проповеди, но доминиканец не подчинился. Непреклонность оказалась роковой для него и его сторонников. Брат Доменико Буонвичини, доминиканец из Фьезоле, и брат Франческо дель Пульезе, францисканский проповедник из Санта-Кроче, поспорили, чьи доводы верны. Они решили подвергнуться испытанию огнем как Божьему суду. Вместе с каждым из испытуемых должен был выйти один из членов их ордена. Савонарола решил участвовать в испытании вместе со своим собратом.
Согласившийся на испытание огнем должен был пройти по узкой дорожке из посыпанных песком кирпичей между двумя облитыми маслом и зажженными деревянными стенами. Только тот, кто получал чудесную Божью помощь, мог избежать гибели в огне.
7 апреля 1498 года — на седьмую годовщину смерти Лоренцо Великолепного — народ столпился на площади Синьории, чтобы увидеть это зрелище. Но испытание все время откладывалось из-за споров о процедуре. Спорили до ночи, а на закате на Флоренцию обрушился проливной дождь, разогнавший и актеров и публику. Эта гроза прозвучала похоронным колоколом власти «плакс». 8-го числа враги брата Джироламо взяли приступом монастырь Сан-Марко. Савонаролу арестовали, пытали и при участии папских комиссаров признали виновным в стремлении взбунтовать народ, смущая его ложными учениями. 23 мая 1498 года брата Джироламо с двумя товарищами казнили на площади через повешение, а их трупы сожгли.