Авторитет Погодина сильно пошатнулся в сороковых годах, попечитель не благоволил к нему, и, следуя своему грубому и неуживчивому характеру, он находился во вражде с молодыми профессорами, так называемыми западниками. Погодин был столько же публицистом, сколько ученым: он издавал журнал “Москвитянин”, орган православно-русского направления, по выражению его биографа г-на Барсукова. Каково было это направление, видно из одной редакционной статьи, написанной Погодиным. “Благоговение пред русской историей до Петра I, воздание должной чести Москве, осуждение безусловного поклонения Западу, сознание национального достоинства, уверенность в великом предназначении русского народа не только в политическом смысле, но и в человеческом, уверенность в величайших дарах духовных, коими наделен русский человек для подвигов на поприще наук и литературы, сочувствие к племенам славянским, их истории, литературе и судьбе, непримиримая, открытая вражда к противоположному направлению – вот в кратких словах программа “Москвитянина”. Крайнее направление этого журнала удивляло даже таких умеренных людей, каким был цензор и академик А. В. Никитенко. “Читал между прочим “Москвитянина”,– пишет он в своем дневнике. – Чудаки эти москвичи, ругают Запад на чем свет стоит. Запад умирает, уже умер и гниет. В России только и можно жить и учиться чему-нибудь. Это страна благополучия и великих убеждений. Если это искренно, то москвичи – самые отчаянные систематики. Они отнимают у Бога тайны его предначертаний и решают по-своему жизнь и упадок царств. Они похожи на школьников, которые считают себя всемирными мудрецами, все знают и все могут. Они действительно являются выражением нашей младенчествующей самостоятельности”.
Понятно, что такое направление пришлось не по сердцу молодым профессорам, гордившимся своим европейским образованием, не нравились им и грубые манеры Погодина. Последний не стеснялся, называл молодых профессоров немцами, громогласно говорил, что онемеченный русский гораздо хуже, вреднее для России, чем немец, что от посылки русских ученых за границу происходит страшное зло для университетов. Погодин доходил до того, что западников, и среди них людей весьма почтенных, называл подлецами и негодяями. Вражда разгорелась особенно сильно в конце 1843 года, когда глава западников Грановский открыл в университете публичный курс по истории средних веков и его талантливые лекции снискали большой успех у публики. Герцен приходил от них в восторг. “Какой благородный, прекрасный язык, – пишет он в своем дневнике, – потому именно, что выражает благородные и прекрасные мысли. Я очень доволен. Его лекции – в самом деле событие. И как современны они, какой камень в голову узким националистам!” А Погодин занес в свой дневник следующие несправедливые слова: “Был на лекции у Грановского. Такая посредственность, что из рук вон, это – не профессор, а немецкий студент, который начитался французских газет. Сколько пропусков, какие противоречия… России как будто в истории и не бывало. Ай, ай, ай! А я считал его еще талантливее других…”