При своих обширных сношениях с соседними странами Женева, конечно, не могла оставаться в неизвестности относительно происходившего в них религиозного движения. Тем не менее, реформация вряд ли могла бы рассчитывать здесь на серьезный успех. Несмотря на то, что духовенство и здесь часто вызывало осуждение благодаря своему недостойному образу жизни, в Женеве все-таки не было того враждебного отношения, той оппозиции против духовенства, которая в такой степени обусловливала успехи реформации в Германии. Город был безусловно предан католичеству, и даже измена последних епископов, поставленных Римом, не могла изгладить из памяти граждан тех услуг, которые были оказаны городу их предшественниками. К тому же новый епископ, поставленный в 1523 году, был предан интересам скорее граждан, чем Савойи. Гораздо больше значения имел в этом отношении союз с Берном.
В начале этой борьбы Берн, несмотря на обещание помощи, относился довольно холодно к критическому положению своего союзника. Партия патриотов терпела поражения, мужественный Бертелье был захвачен герцогом и казнен, Боннивар томился в заключении в Шильонском замке[3], другие вожаки находились в изгнании, а обещанная помощь все не приходила. Но с 1526 года в политике этого двусмысленного союзника намечается крутая перемена. В 1526 году протестанты одерживают в Берне верх над католиками, и с тех пор этот кантон решительно выступает в защиту Женевы. Уже и раньше бернские граждане стали появляться в Женеве, проповедуя новое учение, обличая пороки духовенства и находя сочувствие преимущественно в среде людей мало религиозных, желавших сбросить с себя узы церковных предписаний или ненавидевших духовенство и его главу, епископа. Совет, хотя и не сочувствовал этому движению, но, дорожа дружбой Берна, смотрел сквозь пальцы на такие проповеди. Таким образом, в этом недавно еще столь преданном католичеству городе появилась партия, не столько реформационная, сколько антиклерикальная. Вряд ли, однако, оппозиция церкви зашла бы далеко, если бы не политика Савойского двора.
Для Карла III это движение показалось лишь удобным средством, чтобы придать больше законности своим посягательствам на свободу города. В своих донесениях императору и папе он не замедлил представить дело так, будто весь город склонен впасть в ересь, а сам он является лишь защитником интересов католицизма. Это обстоятельство решило дело. Приписав церковной оппозиции характер борьбы за независимость, он тем самым усилил ее популярность в народе. Теперь приверженцы новых идей стали выставлять себя единственными искренними защитниками Женевы и, под прикрытием патриотизма, продолжали свою религиозную агитацию. На духовенство и монахов стали смотреть подозрительно, как на врагов свободы и приверженцев Савойи. Совет также стал относиться к духовенству менее почтительно, задерживал выдачу десятины и, в ответ на заступничество католического Фрейбурга, предложил ему убедить соборный капитул и остальное духовенство “употреблять свои доходы более достойным образом, иначе ему придется отдать десятину бедным в госпиталь”.