В таком роде были и некоторые другие процессы. Борьба продолжалась, то ослабевая, то разгораясь, но была она чисто партизанской. Либертины, в сущности, не предпринимали ничего решительного. Они только дразнили Кальвина, выводили его из себя своим презрением к его нововведениям, осыпали насмешками. Кальвин усиливал свои строгости, штрафовал, отлучал их; некоторые, наиболее дерзкие, платились еще больше. Но оппозиция от этого нисколько не ослабевала. Одно время (1552 – 1554 годы) даже казалось, что победа готова перейти на сторону либертинов. Перрену удалось быть выбранным в синдики, в совет также попало несколько членов оппозиции, и либертины, во главе которых стоял молодой Бертелье, сын знаменитого женевского патриота, решились действовать энергично. Они потребовали, чтобы совет перестал раздавать право гражданства французским эмигрантам, которые, как известно, были главной опорой Кальвина, и Перрену действительно удалось добиться против них некоторых ограничительных мер; другое, еще более важное требование либертинов заключалось в том, что право церковного отлучения должно быть отнято у консистории и передано совету. Положение становилось критическим. Предложение либертинов было заманчиво, и совет обнаруживал сильное расположение присвоить себе право отлучения. Кальвину снова пришлось прибегнуть к своей обычной угрозе. На этот раз не только он, но и все проповедники объявили о своем намерении покинуть Женеву, и снова совет, не считая возможным обойтись без них, решил пожертвовать этим одним правом, чтобы спасти остальные. Вопрос о церковном отлучении был решен в пользу консистории.
Либертинам оставалось последнее средство – созвать во что бы то ни стало, без ведома синдиков, генеральное собрание, которое, как они надеялись, выскажется в их пользу. Но Кальвин был предупрежден вовремя. За несколько дней до назначенного заговорщиками срока на улице произошла стычка между ними и приверженцами реформатора. Либертины были смяты, их обвинили в мятеже, и в мае 1555 года девятилетняя борьба была закончена. Бертелье и еще трое патриотов погибли на плахе, Перрену и другим вожакам удалось бежать; остальные либертины были изгнаны, имущества их конфискованы, и под страхом смертной казни запрещено было хлопотать об их помиловании.
С тех пор Кальвин не встречал больше оппозиции: Женева осталась за ним.
В течение этого девятилетнего периода Кальвину приходилось бороться не с одной только враждебной частью женевского населения. Из среды самого духовенства не раз поднимались проповедники, не соглашавшиеся с тем или другим пунктом его учения. Но Кальвин, считавший необходимым для блага Женевы настаивать на исполнении самых мелочных предписаний своей церковной дисциплины, конечно, не мог делать уступок в своем учении, вводить таким образом раскол в собственной церкви. Это был самый тяжелый период его жизни. Со всех сторон на воздвигнутое им здание производились нападения, ему приходилось отбиваться на всех пунктах. И реформатор отстоял свое дело с поразительной энергией, но и с поразительной жестокостью.