Здесь он живет некоторое время спокойно, любимый всеми за свой благородный, великодушный характер, за участие к бедным. Но скоро слухи об успехах Кальвина снова заставляют его приняться за теологию. Он вступает с Кальвином в переписку, старается обратить его к своим взглядам и в 1546 году посылает ему рукопись своего нового сочинения, “Christianismi restitutio”, которое представляет полное изложение его учения. Это какое-то странное соединение пантеистического учения анабаптистов с учением Евангелия. Догмат о троичности отвергается решительно: Христос – простой человек, в котором воплотился божественный разум; христиане, поклоняющиеся Троице, – трехбожники. Тон сочинения какой-то мистический; автор применяет к себе апокалипсические предсказания и выражает твердое убеждение, что все другие реформаторы должны ему подчиниться.
Прочитав рукопись, Кальвин был возмущен и в письме к Вире выразился, что если Сервет попадет в Женеву, то живым оттуда не выйдет; в то же время он прекратил с ним всякие сношения. Но Сервет не обратил на его гнев никакого внимания и через некоторое время напечатал свое сочинение в большом количестве экземпляров, которые были разосланы в разные места; несколько экземпляров было послано и в Женеву.
Появление еретической книги вызвало всеобщее негодование. Начались розыски, кто ее автор, но Сервет благоразумно не выставил на сочинении ни своего имени, ни названия типографии, и дело заглохло бы, если бы секретарь Кальвина не написал во Вьенну своему родственнику, указывая прямо на Сервета как на автора. Когда же этого оказалось недостаточно, секретарь прислал его собственноручные письма к Кальвину, где проводились те же взгляды, что и в анонимном сочинении. улики, таким образом, были налицо. Сервет был арестован; против него начат процесс, во время которого ему удалось, однако, бежать; уже в его отсутствие вьеннский архиепископ присудил его к сожжению.
Кальвин уверял впоследствии, что компрометирующие письма были посланы без его ведома, но сам секретарь писал родственнику, что ему, хотя и с большим трудом, удалось выпросить их от Кальвина.
Счастливо избежав рук католической инквизиции, Сервет решил поселиться в Неаполе, чтобы заняться там медициной, и после трехмесячного скитания попал проездом в Женеву.
Неизвестно, какие именно причины задержали его тут. В то время борьба с либертинами была в самом разгаре и клонилась не в пользу Кальвина. Возможно, что именно это и побудило его остаться. Как бы то ни было, Сервет застрял в Женеве на целый месяц и когда наконец 13 августа 1553 года собирался уже уехать, Кальвин, открывший его пребывание, указал на него магистрату, который велел его немедленно арестовать.