2 августа 1997 г. по инициативе Радуева был создан военно-патриотический союз «Солдаты свободы» (почетный председатель — Деги Дудаев). Основой организации стало возглавляемое Радуевым движение «Путь Джохара». Взрыв на вокзале в Пятигорске был произведен по приказу Радуева. Непосредственно инструктировал и готовил террористок радуевский начальник штаба Ваха Джафаров. Он же для дискредитации Масхадова по приказу шефа пытался захватить телецентр в Грозном. Джафаров был убит, а самого Радуева попытались привлечь на шариатс-кий суд. В октябре 1998 г. Масхадов лишил его званий, а суд приговорил к 4 годам заключения, но Масхадов его помиловал.
Радуев не любил делиться. И некоторые наиболее способные полевые командиры вскоре отошли от него: например, начальник радуевскои разведки, бывший российский офицер Сулейман, бравший в декабре 1996 г. под Хасавюр-том пензенских омоновцев. Получив выкуп от российских властей, Радуев освободил омоновцев. Сулейман остался ни с чем. Ушел в тень, но начал подрабатывать на торговле солдатами, которых похищали десятками из 136-й Буйнакской мотострелковой бригады. Заработав на очередную операцию, весной 1999 года уехал через Турцию в Пакистан на лечение. А его армия окончательно развалилась. Радуевские бойцы и командиры торговали уже не только солдатами, но и женщинами, детьми (Стасик Иванов, 12 лет), журналистами (Антон Малянов). Зарубежные «спонсоры», поняв, наконец, что Радуев умеет только хорошо говорить, стали делать ставки на других полевых командиров. В частности, на Бараева, Басаева, Хаттаба. Вернулся в Чечню в сентябре 1999 года. К этому времени даже у подчиненных уже не пользовался никаким авторитетом.
В конце 1999 года Хаттаб пообещал Радуеву материальную помощь и людей, если тот отобьет свой родной город Гудермес у федеральных войск. Не способный уже командовать, Радуев ответил, что планирует серию диверсий в российских регионах, прежде всего в отношении ядерных объектов, для чего создал мобильные группы численностью до 15 человек. С ноября 1999 года формирования Радуева участвовали в боях против Объединенной группировки федеральных войск. 13 марта 2000 года в результате спецоперации, проведенной ФСБ, был задержан в Чечне, доставлен в Москву и помещен в СИЗО «Лефортово». Операция готовилась заранее и была проведена без единого выстрела. По словам директора ФСБ Н. Патрушева, Радуев и еще 3 человека из его ближайшего окружения были захвачены в поселке Новогрозненский. В группу задержанных входил «человек, который занимался финансированием не только банд Радуева, но и других незаконных вооруженных формирований».