Настало время коронации. Карл Второй, по установленному обычаю, объявил о помиловании всех заключенных, кроме политических. Буньян оказался в числе последних и остался в тюрьме.
Его вторая жена, с которой он вступил в брак за год до заключения, отправилась подавать прошение в Лондон. Горячо молила она одного из верховных судей включить имя мужа в число прощенных, но – безрезультатно, и Буньян остался в остроге. Справедливо назвал он место своего заточения вертепом: здесь он изготавливал башмачные шнурки, чем зарабатывал деньги на содержание жены и детей от первого брака.
На следующем заседании окружного суда некоторые из его друзей снова начали хлопотать о его освобождении. Но власти опять выдвинули непременным условием освобождения – отказ от проповеди. Буньян снова не согласился и еще шесть лет не выходил из острога.
Сильно тосковал он о семье, беспокоился о своей слепой дочери, живо представляя себе все лишения и горе близких, но с упованием предал их милостивому Богу.
В остроге он провел двенадцать лет. Одни тюремщики были к нему благосклонны, другие – нестерпимо суровы. Иные так искренно жалели его, что даже позволяли ненадолго отлучаться для посещения братьев по вере, заручившись его честным словом возвратиться в назначенный срок.
Наконец пробил час избавления. Король издал указ разрешить всем христианам свободно собираться на богослужения, избирая себе пасторов из своей среды. Квакеры, многие из которых также находились в заточении, развернули активную деятельность по спасению из тюрем единоверцев.
История этого долгожданного указа такова. Некий квакер по имени Ричард Карвер предстал однажды перед королем и напомнил ему историю, случившуюся двадцать лет тому назад. Во время битвы под Вустером армия Карла II, в ту пору наследника престола, была Кромвелем обращена в бегство. Спас будущего короля некий человек, который на своих плечах донес его до лодки. Этот человек – он, Карвер, и теперь за эту услугу просит короля помочь в беде его братьям по вере, как он некогда помог королю в его беде. Карл вспомнил этот эпизод и 13 сентября 1672 г. подписал указ, дарующий свободу всем узникам за религиозные убеждения, в том числе и Буньяну.
...Буньян вернулся домой, где нашел полное разорение и страшную нищету, и энергично принялся за работу.
Паства в это время была без пастыря – Гиффорд скончался еще до освобождения Буньяна. Все единодушно предложили Джону занять это место. Он согласился, сознавая, что может принести несомненную пользу верующим, а неверующих – привлечь ко Христу силой Слова.