Но с возвращением к власти Стюартов со свободой совести было покончено. Буньян с трудом мог продолжать свое дело. Сначала он переодевался в разные костюмы, чтобы не узнанным появляться то в одном, то в другом месте, но вскоре устыдился своей робости и решил действовать открыто, не взирая на последствия.
Однажды его пригласили в Сомель – небольшое село, жители которого изъявили желание послушать Слово Божие. Во время проповеди полицейские во главе с комендантом подошли к нему, предъявив ордер на арест, – Буньяну оставалось лишь покориться власти. До этого друзья не раз предостерегали его, но он пренебрегал их советами...
По многочисленным просьбам верующих села его на ночь отпустили, но рано утром Буньяна, конвоируемого комендантом, уже повели в суд. Там ему объявили, что бывший котельщик не имеет права проповедовать и что он немедленно будет отпущен на свободу, если даст подписку, засвидетельствованную несколькими его друзьями, что впредь проповедовать не будет. Бумага для подписи уже лежала на столе. «Как я могу дать обещание не проповедовать Слово Божие?! – воскликнул Буньян. – Пока жив буду, как только получу свободу, я снова продолжу нести порученное мне Богом служение».
Тогда, к стыду Англии, 1 ноября 1660 года Джона Буньяна посадили в Бедфорде в острог.
Между тем многие, даже и не разделявшие его воззрений, в том числе и представители государственной церкви, немало хлопотали о его освобождении. Пастор одной англиканской церкви настоятельно увещевал его отказаться от проповедования, стараясь убедить его, что он на это не имеет никакого законного права. Но Буньян стоял на своем. Другой советчик предложил Джону подать апелляцию на решение суда и публично заявить, что он готов подчиниться воле короля, следуя церковным обрядам государственной церкви. Буньян и на это не согласился, заявив, что всегда будет отдавать кесарю кесарево и что воля Царя царей для него превыше всего. А воля Его – чтобы каждый в меру своих сил употреблял для славы Господней дар, полученный от Него.
Буньян был заточен в один из худших острогов королевства. Две тесные камеры и маленький двор, окруженный рвом с водою, были переполнены узниками, за небольшим исключением убийцами и мошенниками. На ночь их запирали по 60 человек в каждой камере.
Тяжело приходилось Буньяну: тридцати двух лет от роду, привыкший к свежему воздуху и активной деятельности, он иногда падал духом, но сознавал необходимость ради славы Господа оставаться верным своим убеждениям. Судейский секретарь напрасно умолял его принять условия освобождения – Буньян сердечно благодарил его за участие и отклонял все его предложения.