Крейсеру предстояло перейти в Германию, поскольку верфи Бреста не могли осуществить его модернизацию. Большие доки сохранялись для «Шарнхорста» и «Гнейзенау», на долю же «Хиппера» остался малый сухой док в торговой гавани, при заходе в который крейсер повредил правый винт об одно из французских грузовых судов, щедро затопленных на акватории порта. Теперь приходилось ждать замены из Германии, отправленной по железной дороге. Между тем, французский порт находился в зоне действия британской авиации. В атаке 24 февраля только чудо позволило «Хипперу» избежать бомбовых попаданий. Поэтому 15 марта он покинул негостеприимную базу в сопровождении эсминца "Рихард Байтцен" и вышел в Германию практически тем же путем, которым он в свое время пришел в Брест. После приема 2130 кубометров топлива с танкера «Торн» в точке к югу от Гренландии и тяжелого перехода через Датский пролив, германский корабль прибыл в Берген и, пополнив там запас топлива еще раз, без дополнительных проблем 28 марта вернулся в Киль.
Первым делом крейсер отправился на верфь "Дойче Верке", где работы по модернизации продолжались до конца октября (в частности, была увеличена емкость топливных отсеков за счет переконструирования двойного дна). После ремонта осадка корабля увеличилась на 0,3 м. Затем начались обычные послеремонтные испытания, затянувшиеся еще на два месяца. Во время них определили скорость на мерной миле: она равнялась 32 узлам в идеальных условиях (на большой глубине и в тихую погоду) при половинном запасе топлива. Уже в новом, 1942 году, корабль вновь отправили на завод, на сей раз фирмы "Блом унд Фосс, где за 3 недели на нем установили новое размагничивающее устройство и перекрасили корпус и надстройки по камуфляжной схеме. На этом ремонтная чехарда не закончилась: практически не выходя из Киля, крейсер повредил во льдах винты и помял корпус, после чего очередной визит в док оказался неизбежным. В промежутке (в конце января) крейсер провел учения по проведению и отражению торпедных атак. 2 марта все работы окончательно завершились, и он стал у бочки в Брунс-бюттеле. А в середине марта судьба его окончательно решилась — вновь в Норвегию, для действий против союзных конвоев.
Покинув Киль 19 марта, "Адмирал Хиппер" в сопровождении трех больших эсминцев (Z-24, Z-26 и Z-30) и трех миноносцев (Т-15, Т-16 и Т-17) через трое суток благополучно прибыл в Тронхейм. Он попал в хорошую компанию: командование Кригсмарине сосредоточило там «Тирпиц», карманные линкоры «Лютцов» (бывший "Дойчланд") и "Адмирал Шеер", а также достаточное количество эсминцев. «Хиппер» занял окруженную противолодочными и противоторпедными сетями «ячейку», ранее предназначенную для поврежденного систершипа "Принца Ойгена", отправленного домой для ремонта.