Тушинский царь отправил в Кострому карателей во главе с Эразмом Стравинским и Александром Лисовским. Поляки предали Кострому огню и мечу. Видимо, какая-то часть костромичей пыталась укрыться за стенами Богоявленского монастыря и там оказать сопротивление тушинцам. 30 декабря 1608 г. Богоявленский монастырь был захвачен и разорен отрядом Лисовского. При штурме погибли три иеромонаха, один иеродиакон и семь монахов. В это же время был разорен и разграблен Кресто-воздвиженский монастырь в Костромском кремле, при этом погибли его архимандрит Геннадий и десять человек братии.
В конце февраля 1609 г. костромичи вновь восстали, однако на сей раз тушинскому воеводе Никите Вельяминову удалось унести ноги в Ипатьевский монастырь. Но не менее около двухсот тушинцев костромичи «посадили в воду», то есть попросту утопили в Волге.
В начале марта 1609 г. Никита Вельяминов написал в Тушино пану Сапеге следующее письмо о помощи: «… в Ипацком монастыре людей немного, да и те иные побиты и поранены, и лошади у них побиты ж».
В конце апреля 1609 г. к монастырю подошло войско Василия Шуйского во главе с воеводой Давыдом Жеребцовым и приступило к осадным работам. В начале мая 1609 г. Вельяминов писал Сапеге, что к монастырю подошли на судах «воры Государевы изменники, многие люди, и дети боярские, костромичи и галиченя и нижегородские стрельцы, и с Вологды сиберьские стрельцы ж, и казаки, и галиченя и унженя и колог-ривцы и парфеньевцы и судайцы, многие мужики, а у них… воевода Давыд Жеребцов; и я на них, из Ипацкого монастыря, с дворяны и с детьми боярскими, с костромичи и галичаны, выходил и с ними бились, с первого часу дни да до вечера: и Божиею, господине, милостию и Пресистые Богородицы и великих Чудотворцев молитвами, и Государевым счастьем, на том деле воров государевых изменников многих побили, и языки у них знамяна их воровские поимели… »
Битва закончилась ночью. Несмотря на упорное сопротивление, ратникам Жеребцова удалось закрепиться на правом берегу реки Костромы и начать осаду монастыря. «Интересно, что в это время переписку между Вельяминовым и Сапегой помогали поддерживать ипатьевские монахи. Нам, например, известны имена иноков Макария и Леонтия, доставлявших отписки костромского воеводы в стан Я. Сапеги под Троице-Сер-гиевым монастырем»2.
После сражения царские войска выкопали вокруг осажденного монастыря ров, поставили острог и укрылись за ним. Ров окружал монастырские стены «от реки от Костромы да до реки Костромы же». Все это время тушинцы предпринимали попытки вырваться из окружения.