По неведомым причинам вспышку гнева царя вызвали «преступления» боярина Василия Михайловича Захарьина-Юрьева. К великому сожалению царя, Василий Михайлович умер еще в 1567 г. Поэтому царь выместил гнев на членах его семьи. В начале весны 1571 г. он приказал убить дочь Василия Михайловича вместе с новорожденным сыном. Царь запретил хоронить убитых и приказал бросить их тела на дворе супруги убитого князя Михаила Темрюковича Черкасского. Сам же князь Черкасский, как уже говорилось, был убит опричниками в мае 1571 г. во время набега хана Девлет-Гирея.
В этой ситуации непонятно, почему Иван IV убил дочь и внука боярина Василия Михайловича, но пощадил его трех сыновей – Протасия, Федора и Ивана. Известно лишь, что Про-тасий выслужился из рынд при дворе царевича Ивана, а казнен он был лишь 24 октября 1576 г., то есть спустя пять лет. По ряду дореволюционных источников и монастырских архивов средний и младший сыновья Василия Михайловича Федор и Иван погибли 24 мая 1571 г. во время пожара в Москве в ходе набега Девлет-Гирея. Кстати, во время этого пожара погибли и сыновья боярина Данилы Романовича Захарьина Иван и Федор.
По мнению автора, вероятнее всего, Иван Грозный убил Федора и Ивана Захарьиных-Михайловых, а потом монахи и историки для приличия списали их смерть на Девлет-Гирея, а может, их просто спутали с Иваном и Федором Захарьиными-Романовыми.
В конце 1570 г. в ходе осады Ревеля в командовании московского войска возник конфликт между «ливонским королем» Магнусом и главным воеводой Иваном Петровичем Захарьиным-Яковлевым и воеводой В.И. Умным. Магнус наябедничал царю, и тот послал опричников, которые 6 января 1571 г. арестовали обоих воевод.
Несколько месяцев боярин Иван Петрович Захарьин-Яковлев находился в заточении. После московского пожара был арестован боярин Василий Петрович Захарьин-Яковлев. Что инкриминировалось Василию Петровичу, не ясно. То ли он согрешил, будучи дворецким у царевича Ивана Ивановича, то ли плохо командовал опричным сторожевым полком во время похода Девлет-Гирея. Обоих братьев Захарьиных-Яковлевых царь приказал забить насмерть палками.
Приблизительно в это же время опричники убили боярина Семена Васильевича Захарьина-Яковлева и его малолетнего сына Никиту.
Таким образом, Ивану Грозному удалось истребить весь род Яковлевых-Захарьиных. В живых остался лишь Тимофей, сын боярина Ивана Петровича, да и тот вскоре умер или был казнен. Во всяком случае, Тимофей не оставил мужского потомства.
Из всего мужского потомства Федора Кошки в живых остался лишь боярин Никита Романович Захарьин.