Дума продолжала пополняться сторонниками клана Годуновых. Князья Хворостины всегда были на хорошем счету у Годуновых. В первый же год царствования царя Федора окольничий князь Д.И. Хворостин получил чин боярина, а его брат Ф.И. Хворостин, занимавший должность дворецкого, стал окольничим. К началу 1585 г. боярами становятся князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие, которые были также сторонниками Годуновых. К ноябрю 1585 г. чин думного дворянина получил Андрей Петрович Клешнин – человек, преданный Борису Годунову. В 1584 г. чин окольничего получил князь Петр Семенович Лобанов-Ростовский, приближенный Годуновых. В 1585 г. боярином становится свояк Бориса Годунова, родовитый и богатый князь Иван Михайлович Глинский.
Однако с воцарением Федора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 г. боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года – Дмитрий Иванович Шуйский.
В 1584—1585 гг. в Боярской думе оказалось и много сторонников Шуйских. Так, в 1584 г. из окольничих в бояре попал Ф.В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В.В. Головин.
С началом царствования Федора Шуйские получают богатые кормления и земли. И.П. Шуйский был пожалован в кормление Псковом, «обеима половинами и со псковскими пригороды, и с тамгою, и с кабаки, чего никоторому боярину не да-вывал государь», и Кинешмой – «городом великим на Волге». Боярин В.Ф. Скопин-Шуйский удостоился «великого государева жалования» – кормления городом Каргополем. Кравчий Д.И. Шуйский получил «в путь» город Гороховец «со всеми крайчего пути доходы». Шуйские присоединили к своим родовым суздальским вотчинам земли своего родственника князя А.Б. Горбатого, конфискованные еще во времена опричнины.
Коронация Федора дает клану Романовых гораздо меньше, чем Годуновым и Шуйским. К сентябрю 1584 г. боярство получает князь Федор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 г. боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Федор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.
Сразу после смерти Ивана Грозного возникает союз между Годуновыми и Романовыми-Захарьиными. Союз этот был вынужденным. И те и другие были родственниками царя Федора по женской линии, и для обоих кланов стало бы катастрофой воцарение Димитрия и приход к власти Богдана Бельского и шайки наглых и жадных Нагих.