После коронации Федора и ссылки Нагих и Бельского союз Годуновых и Романовых-Захарьиных не только не распался, а, наоборот, укрепился в борьбе с кланом Шуйских. Оба семейства были «плебеями» перед «принцами крови», как Шуйских называли в Польше. Был тут и субъективный фактор. Никита Романович стал уже стар и серьезно болел. В августе 1584 г. Никита уже окончательно слег в постель и не мог выполнять свои служебные обязанности. Сыновья Никиты Романовича были еще сравнительно молоды и не имели пока большого политического веса.
Современники сходятся во мнении, что Никита Романович осенью 1584 г. сам искал дружбы Бориса Годунова и вверил ему своих совсем еще молодых сыновей. Троицкий монах Авраамий Палицын, очевидец событий, утверждал, что Годунов обещал Никите Романовичу «соблюсти» его семью. Автор «Сказания о Филарете Романове», использовавший семейные предания Романовых, авторитетно подтвердил слова Авраама Палицына. Согласно «Сказанию…», Борис Годунов проявил любовь к детям Романова и дал страшную клятву, что всегда будет почитать их за братьев. В конце 1585 г. Никита Романович постригся в монахи под именем Нифонта и скончался 23 апреля 1586 г.
Годуновы и Романовы постепенно стали оттеснять Шуйских от ведения государственных дел. Это хорошо заметно в дипломатии. Так, боярин Ф.М. Троекуров трижды (осенью 1584 г., летом 1586 г. и летом 1587 г.) отправляется послом в Польшу. Летом 1586 г. русские послы по указанию Бориса Годунова собирали в Польше сведения о связях Шуйских с «изменником» М.И. Головиным. В апреле 1586 г. Борис Годунов отказал польскому послу М. Гарабурде в аудиенции «всех бояр» и назначил вести переговоры доверенных лиц – «ближней думы» бояр И.В. Годунова, князя И.В. Сицкого и «ближних» дьяков Шелкаловых и Е.Д. Вылузгина.
Во внутренних делах наибольшую остроту приобрела борьба за Казенный приказ – центральное финансовое ведомство государства.
Обычно владеть царской казной назначались два казначея, которые контролировали друг друга. Опираясь на поддержку бояр, главный казначей Петр Иванович Головин добился того, что вторым казначеем был назначен его родственник Владимир Головин. Более века Головины из поколения в поколение служили главными казначеями при московских государях. Но теперь, при царе Федоре, они распоряжались государственной казной бесконтрольно. Казенный приказ оказался вотчиной сторонников Мстиславского и Шуйского.
Петр Иванович Головин имел большое влияние в Боярской думе. Показателем его положения служит его роль в коронации Федора, когда он нес перед царем шапку Мономаха.