Осенью 1584 г. Борис Годунов предложил Боярской думе провести ревизию царской казны. Под нажимом Годуновых и Романовых-Захарьиных дума вынуждена была начать ревизию. Проверка наличности выявила огромные хищения. Петр Иванович Головин был приговорен Боярской думой к смертной казни. Но и Годуновы, и Романовы-Захарьины прекрасно понимали, что Русь устала от террора Ивана Грозного и публичная казнь знатного боярина вызовет у народа нежелательные ассоциации. Поэтому Петра Головина вывели на Лобное место и передали в руки палача, который сорвал с него одежду и занес топор над головой. Но в этот момент была зачитана царская грамота о помиловании осужденного и ссылке его в Арзамас.
По дороге в Арзамас П.И. Головин был убит. Подробности его смерти до нас не дошли, но, судя по всему, дело не обошлось без Бориса Годунова. Во всяком случае, известно, что позже Годунов сделал вклад в Симонов монастырь «по Петру Головину». В.В. Головин также был привлечен к суду, лишен чина окольничего и сослан. Брат казначея Михаил Иванович Головин бежал в Литву.
В опалу попал и окольничий И.П. Головин. В Сибири и казанских пригородах на воеводствах (фактически в ссылке) оказались и другие члены рода Головиных – Василий Петрович, Владимир Петрович, Иван Васильевич, Никита Петрович, Петр Петрович Меньшой, Федор Васильевич. Они вернулись в Москву только при Лжедмитрии I.
Противники Годуновых и Романовых-Захарьиных попытались устроить переворот. Шуйские, Воротынские и Колычевы начинают уговаривать престарелого князя Ивана Федоровича Мстиславского принять участие в убийстве Бориса Годунова. Мстиславский поначалу отказывается, он слабоволен и нерешителен, да и Борис Годунов всегда хорошо к нему относился. Мало того, Борис публично назвал себя сыном Ивана Федоровича, разумеется, имея в виду покровительство, а не кровное родство.
Но через некоторое время Мстиславский дал себя уговорить. Бориса должны были убить на пиру у Мстиславского.
Однако заговор был открыт. Но публичного суда не было. И.Ф. Мстиславский был очень популярен, а Годуновы и Романовы еще слишком слабы, чтобы устраивать показательные процессы без риска нежелательных последствий. В итоге состоялось тайное соглашение, по которому И.Ф. Мстиславский обязался постричься в монахи.
23 июня 1585 г. князь Мстиславский приехал в Соловецкий монастырь, но ему там, видимо, не понравилось, и он отправился на Белоозеро. В Кирилло-Белозерском монастыре И.Ф. Мстиславский постригся и стал старцем Ионой. В обмен на пострижение Годуновы и Романовы позволили его сыну Федору Ивановичу Мстиславскому занять в Боярской думе место отца и сохранить все родовые вотчины.