Фактически все, что оставалось Хауссеру, не имевшему ни подкреплений, ни техники, это, оказывая сопротивление, медленно отступать на Восток, предпринимая под давлением командования время от времени безуспешные попытки контрнаступления. Хауссер все еще пытался проявить характер и возражать приказам Гитлера, в которых тот требовал «держаться любой ценой». Но даже оспорить приказ, запрещавший войскам группы армий отходить за Рейн, Хауссеру не удалось. Генерал-полковник войск СС уже в открытую критиковал действия Гитлера и даже имел смелость вступить с ним в перепалку, стоившую жизни многим немецким солдатам. Гитлер окончательно разочаровался в своих эсэсовцах, хотя еще год назад он считал, что именно они смогут переломить ситуацию на фронтах. Теперь же, узнав о неудаче Дитриха в Венгрии, он, как всегда безапелляционно, заявил 30 марта 1945 года Геббельсу, что «убежден теперь, что из рядов СС никогда не вышло бы настоящего полководца. Ни Зеппа Дитриха, ни Хауссера нельзя отнести к людям, наделенным большим оперативным талантом».[23]
В это время союзники вновь перешли в наступление, между 1-й и 7-й армиями образовалась брешь, и вновь возникла угроза окружения группы армий. 2 апреля 1945 года Хауссер, не видя больше возможностей к удержанию позиций и стремясь предотвратить ненужные потери, принял решение отвести войска в глубь Южной Германии. Причем заранее зная ответ Гитлера, он не стал просить разрешения на отход, а просто проинформировал Ставку о своем решении. Гитлер пришел в ярость и в тот же день отстранил Хауссера от командования группой армий и назначил на его место командующего сражавшейся против советских войск 17-й армией генерала пехоты Фридриха Шульца.
Больше до конца войны Пауль Хауссер уже командных постов не получил, правда и в отставку генерала СС Гитлер не уволил. 3 апреля 1945 года он распорядился причислить Хауссера к штабу главнокомандующего на Юго-Западе генерал-фельдмаршала Альберта Кессельринга, где, не имея никаких конкретных обязанностей, он и провел оставшиеся до конца войны недели. Лишь 6 мая – то есть уже после самоубийства Гитлера – Кессельринг назначил Хауссера специальным уполномоченным по вопросам безопасности и охраны общественного порядка (Sonderbeauftragter für Sicherheit und Ordnung). На этом посту его и застало известие о подписании Акта о безоговорочной капитуляции Германии.
После войны
Оказавшийся в момент подписания капитуляции в Целле-на-Зее, в Австрии, Хауссер 9 мая 1945 года сдался американцам. Впереди была бесконечная череда лагерей для военнопленных – всего за три года Хауссеру предстояло сменить 20 мест заключения, в том числе и в печально известном лагере для военных преступников в Дахау. При этом обвинений против него выдвинуто не было и к военным преступникам генерал-полковника войск СС не причислили. Довелось Хауссеру побывать и в Нюрнберге, где в 1946 году на Нюрнбергском процессе Международного военного трибунала он выступал в качестве свидетеля и заявил, что войска СС непричастны ни к каким преступлениям режима и его подчиненные такие же солдаты, как и военнослужащие вермахта. Затем Хауссера перевезли в так называемый «исторический отдел» (Historical Division) в лагере Оберурзель, где американцы собрали значительное число высшего генералитета и проводили сбор материалов по истории военных действий, тактике и стратегии. Новый 1948 год он встретил в лагере Нойштадт-Аллендорф в Австрии, затем его перевезли в Германию и летом того же года освободили.