Теодор Эйке оказался находкой для СС. Причем здесь свою роль сыграл именно опыт унтер-офицера – Гиммлеру прежде всего нужны были хорошие исполнители, умеющие создать из его пока еще аморфных отрядов высокодисциплинированную, готовую без сомнений выполнить любой приказ идеологическую армию. Рвение Эйке было быстро оценено, и уже 30 января 1931 года Гиммлер поручил ему формирование 2-го штурмбанна 10-го штандарта СС, что автоматически принесло ему звание штурмбаннфюрера СС. Учитывая, что штурмбанн соответствовал примерно батальону, а звание штурмбаннфюрера – примерно майору рейхсвера, можно сказать, что в служебном (но пока отнюдь не в финансовом) плане Эйке за три года сделал более быструю карьеру, чем за предшествующие двадцать. Эйке крайне повезло и на этот раз: следующим распоряжением рейхсфюрера СС ему было присвоено звание штандартенфюрера СС, и 15 ноября 1931 года он был назначен командиром 10-го штандарта. В общих СС от руководителя (командиры СС именовались вождями – фюрерами) требовалось прежде всего поддерживать дисциплину среди своих подчиненных, иметь организационные способности, но в принципе наличие у них опыта и способностей воинского командира не требовалось. А таланты организатора и администратора у Эйке были, хотя они и осложнялись его психопатической личностью, и его стремление к насаждению железной дисциплины часто выливалось в патологическую жестокость, что опять же только нравилось руководству.
7 ноября 1931 года Эйке был переведен на должность административного офицера 10-го штандарта СС, дислоцированного в Кайзерслаутерне. Фактически же речь шла о его подготовке к занятию поста командира этого штандарта, тем более что 15 ноября Эйке в качестве аванса был произведен в штандартенфюреры СС. 21 декабря того же года назначение состоялось, и Эйке стал командиром соединения СС, примерно соответствовавшего полку рейхсвера. В марте 1932 года Теодор Эйке был вынужден оставить службу в «И.Г. Фарбениндустри». Причем инициатива исходила не от Эйке, а от руководства «И.Г. Фарбен» – к этому времени обремененный своими «общественными» обязанностями Эйке стал манкировать своей основной работой, а кроме того, его непредсказуемое поведение и слишком радикальные политические взгляды вызывали недовольство начальства. Психически неуравновешенный Эйке стал очень активно участвовать в «уличной войне» и очень скоро оказался замешан в темных делах. Не прошло и нескольких месяцев, как Эйке был арестован властями по обвинению в незаконном хранении взрывчатых веществ и подготовке убийства. Обвинения были достаточно серьезными, но доказательства лишь косвенными. И тут на помощь Эйке пришел министр юстиции Баварии Франц Гюрнтер – убежденный немецкий националист, покровительствовавший нацистам. В 1932 году Гюрнтер отдал приказ об изменении меры пресечения, и Эйке был освобожден под честное слово. Определенную роль сыграла и медицинская экспертиза, установившая у Эйке определенные психические нарушения. Оказавшись на свободе, Теодор Эйке вернулся к прежней деятельности, немедленно нарушив честное слово, и вновь вступив в конфликт с законом. Учитывая, что он все еще оставался под следствием, полицейские власти начали розыск головореза с целью его ареста. Вполне отдавая себе отчет, что новый арест, скорее всего, завершится осуждением, Эйке, выправив поддельные документы, бежал из Германии и перебрался в Италию, где в то время скрывалось значительное количество членов СС и СА, вступивших в конфликт с законом. При этом свой пост руководителя 10-го штандарта СС он сохранил, кроме того, Гиммлер 26 октября 1936 года присвоил ему звание оберфюрера СС, что было достаточно редким явлением: как уже указывалось выше, в принципе в этот период звания СС были привязаны к должностным категориям, и звание оберфюрера скорее соответствовало руководителю абшнита СС, то есть более крупного, чем штандарт, формирования.