Капитан 2-го ранга Кларенс Элдрич, казалось, одновременно был повсюду. Как командир дивизиона живучести "Йорктауна" он имел достаточно работы три попадания в различных местах и четыре серьезных пожара. Особенно беспокоил пожар в помещении для хранения ветоши вблизи от цистерн с топливом и погребов боезапаса. Элдрич распорядился затопить погреба, а цистерны заполнить углекислым газом.
Другая партия боролась с огнем в островной надстройке, а аварийная команда заделывала дыры в полетной палубе. Самая большая пробоина шириной 12 футов требовала сверхизобретательности. Поперек нее были положены деревянные балки, на них четвертьдюймовая стальная плита, а сверху - новые стальные плиты, которые своим весом прижали и закрепили всю конструкцию. Через 20 минут "Йоркта-ун" снова имел полетную палубу, пригодную к приему и выпуску самолетов. Но корабль не имел хода. Бомба, взорвавшаяся в дымовой трубе, разбила два котла и погасила огонь в других. Тяжелый черный дым наполнил кочегарно-котельные отделения. Люди задыхались, делая все возможное, чтобы скорее вернуть авианосцу ход.
Но адмирал Флетчер не мог больше ждать. Он руководил боем, а корабль, неподвижно покачивающийся на волнах, не был лучшим местом для этого.
Кроме того, радио авианосца вышло из строя, а дым от пожаров затруднял флажную и прожекторную сигнализацию. Примерно в 12.30 с "Йорктауна" передали приказ на крейсер "Астория" приготовиться принять адмирала. В 13.00 вельбот с "Астории" подошел к борту авианосца. С полетной палубы "Йорктауна" на вельбот были сброшены концы с узлами, и штабные офицеры Флетчера быстро спустились вниз. Адмирал хотел последовать за ними, но в последний момент передумал. В конце концов ему было 56 лет. Тогда матросы связали беседку и опустили командующего на вельбот, который отвалил от авианосца в 13.13. Эти минуты казались вечностью для экипажа крейсера. Плавающие вокруг пустые гильзы от 5-дм снарядов напоминали перископы подводных лодок, а "Астория" стояла без хода в самом центре Тихого океана. Когда в 13.24 Флетчер поднялся на борт и крейсер дал ход, все облегченно вздохнули.
Самолеты "Йорктауна" получили приказ сесть на другие авианосцы, дозаправиться горючим и ждать дальнейших распоряжений. До этого 17 пикирующих бомбардировщиков Макса Лесли, кружившиеся неподалеку, обстреливались и своими, и чужими. Один японский пилот, выходя из атаки на "Йорктаун", потел прямо на "Донтлесы", ведя огонь из пулеметов. Откуда-то появившийся американский истребитель сбил его, а затем атаковал "Донтлесы". Истребитель отвернул в сторону в последнюю секунду, когда кто-то пронзительно заорал по радио: "Ты, безмозглый ублюдок! Разве не видишь белые звезды?!"