А на мостике "Ямато" адмирал Ямамото наконец начал осознавать весь ужас положения, лихорадочно обдумывая план дальнейших действий. Еще в 12.20, узнав о выходе из строя трех авианосцев Нагумо, главком отдал новый четкий приказ по Объединенному флоту. Транспортам было приказано временно отойти. Подводным лодкам - занять позиции несколько восточнее их линии. Адмиралу Какута - оставить Алеутские острова и спешить на юг с легкими авианосцами "Рюдзе" и "Джунье". Адмиралу Кондо отдавать приказы не было нужды - он уже спешил на север со своими линейными кораблями и авианосцем "Дзуйхо". Сам Ямамото продвигался на восток, ведя могучий "Ямато", два других линкора и авианосец "Хосе". При благоприятных обстоятельствах эти соединения включая четыре легких авианосца должны были соединиться с Нагумо в течение ночи.
Первым должен был появиться Кондо - его соединение находилось всего на расстоянии 300 миль от Нагумо. Ямамото надеялся, что если все эти корабли построить вокруг "Хирю" и его мощного прикрытия, то этого будет достаточно, чтобы добить американский флот. Кроме того, оставалась и первоначальная цель операции - сам Мидуэй. Не собираются ли американцы превратить Мидуэй в непотопляемый авианосец и тем самым держать большую часть Объедиценного флота под постоянными ударами своей авиации?
"Бог операций" капитан 1-го ранга Куросима убеждал главкома, что авиабаза на Мидуэе должна быть уничтожена, даже в ущерб быстрейшему сосредоточению сил. Адмирал согласился и в 13.10 радировал Кондо: "Выделите часть сил для обстрела и уничтожения авиабазы противника на "AF". Оккупация "AF" и "АО" временно откладывается". Алеутская операция была вскоре возобновлена, но захват Мидуэя отложен по меньшей мере до тех пор, пока корабли адмирала Кондо не ослабят оборону атолла. Для выполнения этой операции Кондо выделил новейшие и самые быстроходные крейсера японского флота "Кумано", "Судзуя", "Микума" и "Могами". Под командованием адмирала Такео Курита они ринулись на северо-восток со скоростью 32 узла.
Планирование дальнейших шагов было бы значительно легче, знай в штабе Ямамото хоть немножко больше о реальной обстановке. Но Нагумо отправил им единственное короткое сообщение, описывающее утренний налет, и с тех пор от него не было ни слова. В 16.55 штаб главкома запросил Нагумо по радио, требуя дополнительной информации. Никто даже не подтвердил получение этой радиограммы - возможно, потому что она пришла в самое неудачное время, когда американские пикирующие бомбардировщики внезапно атаковали "Хирю".