Иногда адмирал устраивал совещания со своими штабными офицерами. В такие дни столы в оперативной рубке сдвигались вместе, офицеры рассаживались на коричневом диване, который шел вдоль переборок рубки, на стол ставилась коробка с сигарами, вестовые приносили сыр и великий символ победы - бутылки виски "Джонни Уокер", большой запас которых был захвачен в Сингапуре. Адмирал Ямамото не пил и не курил, но никогда не навязывал своего образа поведения другим. Адмирал был прост в обращении, внимателен к своим офицерам, ценил юмор в себе и в других. И хотя вся жизнь адмирала принадлежала службе (никто ни разу не видел Ямамото в штатском костюме), он, военный до мозга костей, имел свои слабости: был неравнодушен, как уже говорилось, к азартным играм, считался сладкоежкой, любил пофлиртовать с дамами. Все это делало адмирала Ямамото более человеком из плоти и крови, нежели национальным монументом, каким его представляют сейчас.
В конце апреля из южных морей в воды метрополии вернулись соединения адмиралов Нагумо и Кондо, которые еще ничего не знали о планах Ямамото по захвату Мидуэя. Когда Ямамото проинформировал их о задуманной операции, адмирал Нагумо отнесся к этому с полным безразличием - его авианосцы были способны выполнить любую задачу, где бы она ни была поставлена. Но адмирал Кондо стал возражать, приводя уже знакомые Ямамото доводы, которые в свое время были на вооружении у Морского Генерального штаба. Ямамото быстро осадил своего заместителя: все уже решено, и мнение Кондо его интересует только в плане наилучшего осуществления задуманной операции. Утром 1 мая в оперативной рубке линкора "Ямато" была проведена военно-морская игра. Проигрывался вариант, по которому "красный флот", как условно обозначили флот США, внезапно силами авиации атакует "синий флот" - соединение Нагумо, когда его самолеты бомбят Мидуэй. Посредник бросил кости - выпало 9 попаданий, в результате которых авианосцы "Акаги" и "Кага" оказались потопленными. Однако начальник штаба Объединенного флота контр-адмирал Матоме Угаки неожиданно вмешался в действие посредника, снизив число попаданий до шести. В итоге авианосец "Кага" остался потопленным, но "Акаги" снова принял участие в операции. В проведении игры чувствовалась полная уверенность в успехе и пренебрежение к противнику.
5 мая план адмирала Ямамото начал воплощаться в жизнь. В этот день императорская ставка издала директиву No 18, которая приказывала Объединенному флоту, взаимодействуя с армией, обеспечить захват Мидуэя и западной гряды Алеутских островов. Этой директивой была утверждена и кодировка операции. Вся операция была закодирована как "Операция MJ", Алеутские острова обозначались "АО", а сам Мидуэй - "AF".