Разработанный капитаном 1-го ранга Куросима план захвата Мидуэя был достоин своего создателя, напоминая сложный военно-морской балет. Для дезориентации противника к осуществлению плана привлекались 16 отдельных соединений флота, которым были поставлены, на первый взгляд, совершенно самостоятельные задачи, но чьи действия подчинялись единой цели и координировались из одного центра. Весь план строился вокруг так называемого дня N, назначенного для высадки десанта на Мидуэй. В день N - 3 (день N минус три дня) адмирал Хосогая должен был начать представление атакой на Алеутские острова, отвлекая внимание противника от направления главного удара. Затем, в день N - 2, адмирал Нагумо со своим сверхмощным ударным соединением из шести авианосцев должен был подойти к Мидуэю с северо-запада и нанести удар по атоллу, уничтожив опорные пункты и авиацию противника. Наконец, в день N к Мидуэю должны были подойти силы вторжения и, действуя под прикрытием линейных кораблей адмирала Кондо и авиации Нагумо, высадить десант на атолл. А между тем ядро флота, могучие линейные корабли под командованием самого адмирала Ямамото, должны были находиться в 300 милях позади сил вторжения с тем, чтобы перехватить американский флот, когда тот поспешит к Мидуэю. Севернее корабли, прикрывающие соединение адмирала Хосогая, должны были находиться в позиции, позволяющей быстро присоединиться к соединению Ямамото в случае появления американского флота. Для полного обеспечения операции план Куросима предусматривал развертывание двух завес подводных лодок между Мидуэем и Гавайскими островами. Подводные лодки должны были вести наблюдение за движением американского флота и, по возможности, атаковать корабли противника.
Вскоре разработанный в унылой, прокуренной каюте капитана 1-го ранга Куросима план захвата Мидуэя был отдан на доработку в оперативный отдел штаба, где им занялись флагманские специалисты Объединенного флота. Флагманский связист капитан 2-го ранга Есиро Вада думал о лучших способах обеспечения связи на безбрежных просторах океана, капитан 2-го ранга Акира Сасаке разрабатывал инструкции для летчиков, капитан 2-го ранга Ясуро Ватанабе обдумывал различные тактические варианты. Очень много приходилось думать об обеспечении и поддержке десантных соединений.
Адмирал Ямамото часто работал вместе со своими офицерами. Для Ямамото штаб не являлся "мозговым центром", чьи советы должны были питать оперативную мысль командующего. Он видел в своем штабе лишь исполнительный орган для воплощения в жизнь принятых им решений.