Как обычно, когда говорил Генда, дальнейшие дебаты прекращались. На все авианосцы был передан приказ очистить полетные палубы и снова перевооружить самолеты. Закипела работа. Матросы авиатехнических дивизионов работали как одержимые, стараясь обогнать время. Бомбы для поражения наземных целей снимались с самолетов, подвешивались торпеды и бронебойные бомбы. Стоящие на полетных палубах самолеты спешно опускали вниз. Снятые бомбы не было времени отправить обратно в погреба. Их просто откатили в сторону и оставили лежать на палубах.
После того, как полетные палубы были очищены от самолетов, четыре авианосца развернулись против ветра. В 8.37 на мачте каждого из них был поднят флажной сигнал, разрешающий самолетам Томонага начать посадку.
Первыми совершили посадку поврежденные самолеты, затем, один за другим, все остальные. После налета не вернулось 11 машин. Когда лейтенант Томонага поднялся на мостик "Хирю", чтобы доложить о результатах налета на атолл, он понял, что никто его слушать не собирается. Все были заняты подготовкой к удару по американским кораблям. После того, как Нагумо в довольно резкой форме отказался следовать его советам, контр-адмирал Ямагути пожал плечами и больше не вмешивался в действия командующего, посвятив всю свою энергию перевооружению самолетов, в том числе и вернувшихся с Мидуэя, которые могли бы нанести второй удар по американскому флоту.
На "Акаги" адмирал Нагумо чувствовал себя спокойно. Корабли соединения снова построились в боевой ордер. Постепенно удалось посадить большинство истребителей воздушного прикрытия. Теперь их полностью заправили горючим и перевооружили. Заканчивалось перевооружение самолетов бомбами и торпедами. Вернувшиеся с Мидуэя самолеты без всяких помех шли на посадку. С тяжелого крейсера "Тикума" были катапультированы 4 разведывательных гидросамолета, чтобы сменить самолет No 4 с "Тонэ" и, таким образом, не спускать с противника глаз.
Между тем пилот разведывательного самолета с "Тонэ" продолжал наблюдение за противником. В 8.55 он радировал: "Десять торпедоносцев противника идет прямо на вас", но это почему-то не произвело ни на кого большого впечатления. Адмирал Нагумо был слишком увлечен планированием удара по кораблям американцев. На "Акаги" замигал прожектор, передавая новый приказ командующего по ударному соединению: "После завершения приема самолетов двигаться в северном направлении. Я планирую обнаружить и разгромить оперативное соединение противника".
О своих намерениях Нагумо доложил адмиралу Ямамото, который находился в 450 милях восточное его. Уложив все сообщения самолета с "Тонэ" в одну радиограмму, Нагумо доложил главкому: "Соединение противника в составе одного авианосца, 5 крейсеров и 5 эсминцев обнаружено в 8.00, пеленг 10, дистанция 240 миль от Мидуэя. Иду на сближение".