Чем больше Лопухин думал над этим вопросом, тем правдоподобнее казалась ему эта догадка. Он начинал даже думать, что угадывает и тайного вдохновителя "Раскина": им мог быть, по мнению Лопухина, только один Рачковский.
Этого последнего Лопухин знал, как человека, способного буквально на все. Разве не он организовал "анархистский" взрыв храма в Льеже? Лопухин имел в своих руках документальные тому доказательства: показания непосредственного организатора взрыва, - агента Рачковского, некоего Яголковского, который откровенно рассказал обо всем этом предприятии прокурору петербургской судебной палаты, после того как, арестованный в Бельгии, он был выдан русским властям. Знал Лопухин и о том, что Рачковский был связан тайными нитями с Витте: у Лопухина имелись доказательства того, что кража у проф. Циона, противника финансовых мероприятий Витте, - пакета, с неприятными для Витте документами, была организована по просьбе последнего именно Рачковским.
Рачковский и сам был зол и на Плеве, и на Лопухина, и покушения, организованные "Раскиным", несомненно принесли ему пользу; они расчистили ему путь для возвращения ко власти в Департаменте Полиции. Взглянув на вещи под этим углом, Лопухин находил объяснение и перемене в поведении "Раскина": организуемые последним террористические предприятия перестали приводить к успешным результатам немедленно после того, как Лопухин был убран из Департамента, и к руководству полицейским розыском был привлечен Рачковский. Организовывать удачные покушения во вред самому себе последний, конечно, не мог хотеть. Эта же догадка давала, наконец, объяснение и привязанности Витте к Рачковскому, которая выявилась зимой 1905 -1906 гг. и причины которой для Лопухина до этого Бремени были не вполне ясны. В этот период, когда Витте вновь пришел ко власти, Лопухин сделал попытку свести свои старые счеты с Рачковским.
Через своих бывших сослуживцев по Департаменту он получил данные об организации Рачковским и его ближайшими подручными в помещении Департамента Полиции тайной типографии, в которой они печатали прокламации с призывами к антиеврейским погромам.
Собранный материал был убийственен: он доказывал, что черносотенные погромы конца 1905 г. были непосредственно организованы Департаментом. Лопухин довел этот материал до сведения Витте. Сомневаться в точности представленных ему данных Витте не мог; на удалении Рачковского настаивал целый ряд членов кабинета министров; политически Рачковский для Витте был вреден, - и, тем не менее, Рачковский остался на своем посту.