Арестовывать типографию в Финляндии Зубатов по ряду соображений не считал удобным. Поэтому решено было "спугнуть" революционеров и заставить их перенести типографию в другое место. За выезжавшими в Финляндию революционерами началась настойчивая слежка. Сыщики, что говорится, "висели на пятках". Создавалась уверенность, что не сегодня-завтра будет произведен арест, и типографию было решено перенести в другое место. Такое нашлось в Сибири. Брат жены Аргунова, врач Павлов там получил место заведующего переселенческим пунктом в Томске. "Пункт" этот помещался за городом, в уединенном месте, в лесу. Штат служащих был подобран сплошь из революционеров. Более удобного места для типографии, казалось, нельзя было и придумать. С большими предосторожностями и по частям перевезли туда типографию. Чтобы не завести в Томск слежку, пробиравшиеся туда работники предварительно плутали по всей России. С. Н. Барыков, напр., из Москвы в Томск ехал через Тифлис. Но это не спасло: за ним были отправлены лучшие филеры, которые проследили его вплоть до Томска. Впрочем, о пребывании там типографии Зубатов узнал и более прямым путем: адрес для особенно конспиративной переписки типографии с Москвою достать попросили Азефа.
В сентябре 1901 г. типография устроилась на новом месте и приступила к работе над третьим номером "Революционной России". Подробно взвесив с Азефом обстановку, Зубатов пришел к выводу, что теперь арест типографии не будет грозить никакими неприятностями для его агента. Для ареста и следствия был послан из Москвы специальный уполномоченный, жандармский офицер А. И. Спиридович. Правда, его приезда не дождались: филеры сообщили из Томска, что, судя по внешним признакам, в типографии новый номер уже печатается и скоро будет выпущен в свет, а потому Зубатов распорядился произвести ликвидацию немедленно силами томской полиции. Но все расследование провел Спиридович, ловко скрывший от арестованных степень осведомленности властей. На Азефа не пало и тени подозрения. Наоборот, именно в это время его положение в революционной среде особенно упрочилось.
После томского разгрома московские руководители Союза не сомневались, что их очередь придет очень скоро. Боязни за себя не было: к аресту психологически они давно уже были готовы. Мысль была занята одним: надо спасти те остатки организации, которые еще можно было спасти, - надо передать все связи такому человеку, который еще не скомпрометирован и который поэтому не будет арестован. Таким спасителем оказался Азеф, в эти дни особенно сблизившийся с Аргуновым. "Азеф, - вспоминает последний, - принял горячее участие в нашем горе. Оно стало как бы его горем. В нем произошла перемена. Из пассивного соучастника он превратился в активного члена нашего Союза. Торжественного вступления в Союз не было: сделалось это как-то само собою". В начале встречаться приходилось с большими предосторожностями. Аргунов рассказывает про одно свидание в Сандуновских банях: дела обсуждали голыми. Потом встречаться стало легче; когда выяснилось, что своим преемником Аргунов намечает Азефа, Зубатов распорядился снять наблюдение и филеры уже не ходили по пятам. Азеф еще раньше рассказывал Аргунову, что "по своим делам" он в этом году должен будет ехать заграницу, - это был план Департамента Полиции, решившего, что заграницей Азеф будет более полезен. Теперь эта поездка оказалась как нельзя более своевременной! Азеф предложил Аргунову свои услуги для устройства заграницей всех нужных дел. Уговаривал он уехать туда же и Аргунова, но жизнь эмигранта того не прельщала. За то другой член Союза, Мария Селюк, решила последовать совету Азефа.