(Напомним свидетельство современницы Гоголя, С. В. Скалой, провожавшей его, девятнадцатилетнего, в Петербург: «В то время мы ничего особенного в нем не видели».)
Центр его жизни был не в гимназии, не в кружках по склонностям, а в семейном кругу и в домах близких товарищей. Аттестат зрелости, выданный 8 июня 1909 года, свидетельствует, что «при отличном поведении» сын статского советника Булгаков обнаружил знания отличные лишь по двум предметам — закону божьему и географии, по остальным же — хорошие и удовлетворительные.
Заканчивал гимназию Михаил Булгаков, однако, совсем в другой семейной ситуации, чем начинал.
В 1906 году заболел отец. «Уже весной 1906 года, — напишет потом автор некролога, — Афанасий Иванович стал чувствовать какое-то подозрительное недомогание. В течение лета болезнь, которой сначала покойный не придавал значения, усилилась и к началу текущего учебного года резко выразилась потерей зрения и общим сильным ослаблением организма. Произведенными врачебными исследованиями скоро констатирована была наличность у Афанасия Ивановича серьезной хронической болезни почек. Началось энергическое лечение. Но все усилия врачей киевских, а потом и московских сломить болезнь не привели ни к каким результатам. Болезнь так быстро прогрессировала, что близость печального исхода ее была ясна уже для всех». Через много лет судьба заставит Михаила Булгакова вспомнить весь скорый ход болезни отца...
Сохранились последние фотографии Афанасия Ивановича тем летом в Буче, в окружении всех детей, с самой младшей — четырехлетней Лелей, единственной из детей похожей на отца, воспринявшей его темный цвет волос, круглый овал лица.
Последняя дочь Афанасия Ивановича родилась в 1902 году, и принимала ее жена его младшего брата Сергея Ивановича, акушерка по профессии. В том же 1902 году скоропостижно умер двадцатидевятилетний Сергей Иванович. Это была, по-видимому, первая смерть близкого родственника в жизни одиннадцатилетнего Михаила. Вдову брата Ирину Лукиничну Афанасий Иванович посчитал долгом пригласить жить в свой дом. Все последующие годы она прожила в доме Булгаковых, главным образом занимаясь Лелей — своей любимицей.
В 1906 году был снят тот самый дом № 13 на Андреевском спуске, которому суждено было надолго стать пристанищем семьи и прообразом места действия романа «Белая гвардия».
Начались тяжелые для семьи осень и зима 1906—1907 годов. Михаил и старшие сестры, Вера и Надя, знали, что отец умирает. «Его лечили от болезни глаз, а это было только следствие, — рассказывала нам Надежда Афанасьевна. — Отец очень исхудал. Когда он уже не мог читать сам — я читала ему статьи на чешском языке, и он был недоволен моим произношением. Сам он прекрасно знал латынь, греческий, французский, западнославянские языки (читал также на немецком и английском — просматривал, как уже говорилось, поступившие в цензуру книги и на этих языках)...» Одни языки Афанасий Иванович, видимо, знал лучше, другие хуже, но живой этот пример остался в памяти Булгакова навсегда и через много лет отозвался в ответе Мастера Ивану, окрашенном авторской почти детски-простодушной гордостью за своего героя: «Я знаю пять языков, кроме родного, — ответил гость, — английский, французский, немецкий, латинский и греческий. Ну, немножко еще читаю по-итальянски», еще более — в реплике Ивана: «Ишь ты! — завистливо шепнул Иван».