11 декабря 1906 года Афанасий Иванович был удостоен советом Духовной академии степени доктора богословия. Совет возбудил также ходатайство перед синодом, как повествует некрологист, «об удостоении Афанасия Ивановича звания ординарного профессора, с присвоенным сему званию содержанием. 8 февраля 1907 г. Св. синод удовлетворил это ходатайство. На получение ординатуры Афанасий Иванович возлагал большие надежды...»
Действительно, служба в Академии доставляла А. И. Булгакову 1200 рублей годовых и ровно столько же — служба цензора. Постоянная необходимость в дополнительной работе для заработка, видимо, мучившая его и по жестокой иронии судьбы отпавшая лишь в последний месяц жизни, осталась, нам кажется, устойчивым представлением в памяти Булгакова; это могло усугублять раздражение от возникшей в начале двадцатых годов и не оставлявшей его уже до смерти подобной же необходимости.
«9 марта Афанасий Иванович подал прошение об увольнении по болезни от службы в Академии, — сообщалось далее в некрологе. — 11 марта он приобщился св. Тайн и с великим благоговением принял св. Елеосвящение. 14 марта, около десяти часов утра, Афанасия Ивановича не стало... В тот же день, в 4 часа пополудни, была отслужена академическим духовенством у гроба почившего панихида, на которой присутствовали профессора Академии и студенты. 15 марта гроб с останками почившего был перенесен в Св. Духовскую церковь Братского монастыря, а 16-го в великой Братской церкви состоялось отпевание». В надгробной речи один из сотоварищей А. И. Булгакова, Д. И. Богдашевский, вспоминал о его последних днях: «Беседовали мы с тобою о разных явлениях современной жизни. Взор твой был такой ясный, спокойный и в то же время такой глубокий, как бы испытующий. «Как хорошо было бы, — говорил ты, — если бы все было мирно! Как хорошо было бы!.. Нужно всячески содействовать миру". И ныне Господь послал тебе полный мир... „Отпусти" — вот последнее твое предсмертное слово своей горячо любящей тебя и горячо любимой тобой супруге. „Отпусти!.." И ты отошел с миром! Ты мог сказать: „Ныне отпущаеши раба твоего, Владыко, по глаголу твоему с миром" (Лук. II, 29)». Через тридцать с лишним лет последнее слово умирающего найдет отзыв в последней главе последнего романа его сына: «Отпустите его, — вдруг пронзительно крикнула Маргарита..,»
Так в марте 1907 года Михаил, которому не было еще шестнадцати, стал старшим сыном в семье, оставшейся без отца.
Давно овдовевшая бабушка Анфиса Ивановна, каждое лето приезжавшая на дачу к Булгаковым из Карачева, сказала ему: «Ты, Миша, уже взрослый, тебе пора маму звать на вы». С этого времени он так и обращался к матери.