Губернатором Милана, теперь уже принадлежащего Франции, был Шарль д'Амбуаз, герцог Шомон, молодой военный, начавший свою боевую карьеру в походах Карла VIII. Влюбленный в Италию и ее искусство, он давно уже был поклонником творца «Тайной вечери». Заполучить Леонардо к себе в Милан было его постоянной мечтой. Он был в восторге, когда Леонардо, побежденный нуждой, решил снова ехать в город, с которым у него было связано столько светлых воспоминаний.
Первые впечатления должны были сильно разочаровать художника. Когда он в июле 1506 года слез с коня в Милане, ему все показалось вероятно, чужим. Больше шести лет город находился под чужеземным владычеством. То, что наполняло его таким блеском при Моро и Беатриче, исчезло бесследно. Про знакомых и друзей Леонардо мог с полным правом сказать: «иных уж нет, а те далече». Но, нужно думать, первое тяжелое впечатление изгладилось довольно быстро. Шомон принял его с распростертыми объятиями, поселил его у себя и сейчас же завалил заказами не только на картины, но и на большие архитектурные и гидротехнические работы. Когда к Леонардо обращались только с просьбой писать картины, у него сразу делался скучающий вид. Когда к этим просьбам присоединялись другие, о технических работах, он начинал смотреть доверчиво и слушать внимательнее. Но Шомон не ограничился заказами.
Флорентийская Синьория дала Леонардо трехмесячный отпуск с тем, что если он не вернется в срок, то обязан будет заплатить штраф в 150 дукатов. Над ним еще висела неустойка за «Битву при Ангиари»: купцы, правившие Флоренцией, умели считать копейку. Срок возвращения во Флоренцию наступил, когда Леонардо едва начал работать для Шомона. Тогда губернатор попросил Содерини продлить отпуск художнику. Первую просьбу Шомона Содерини удовлетворил легко, но, когда через месяц Шомон стал просить еще, Содерини ответил ему почти грубо: «Леонардо, — писал, между прочим, гонфалоньер, — вел себя не должным образом по отношению к республике, ибо взял изрядную сумму денег, едва начав большую работу, которую он обязан был выполнить». Леонардо, больно обиженный тоном письма и грубым обвинением, хотел немедленно вернуться, но Шомон его не пустил. Тогда Леонардо с помощью друзей собрал деньги, которые должен был заплатить в виде неустойки, и велел доставить их Содерини. У гонфалоньера все-таки хватило такта не принять денег. Этим, по-видимому, вопрос о неустойке можно было считать ликвидированным; Содерини убедился что фреска не будет выполнена.
В декабре, однако, Леонардо собрался ехать во Флоренцию окончательно, но опять на помощь ему пришел случай: в январе 1507 года сам Людовик XII сначала через флорентийского посла во Франции Франческо Пандольфинй, потом, собственноручным письмом к Содерини просил, чтобы Леонардо было разрешено остаться в Милане до его приезда туда. Невозможно было отказать королю, поддержка которого давала возможность спокойно существовать республике. Синьория решила махнуть рукой на Леонардо. А он, узнав о заступничестве короля, — впрочем, были подозрения, что заступничество это было вызвано его Собственной просьбой, переданной через Шомона, — уехал в Ваприо, под Миланом, к новому другу. Это был Джироламо Мельци, миланский дворянин, желающий учить рисованию своего четырнадцатилетнего сына Франческо, очень способного и очень красивого мальчика. Леонардо пробыл там до мая, проводил время в разговорах с Мельци, в занятиях с Франческо, которого он искренне полюбил, и в работах по теории гидравлики, по математике и механике.