Надвигавшаяся феодальная реакция убила размах технического изобретательства Леонардо, поэтому ему не казалось так трудно оторваться от миланских каналов, когда Людовик XII снова засадил его за картины. Но Леонардо уже давно нашел способ, как отделаться от тяготившей его работы кистью, тем более что теперь это уже было очень легко — у Леонардо была школа.
Покидая Милан в первый раз, в 1499 году, Леонардо оставил там нескольких художников, которые либо сформировались целиком под его влиянием, либо испытывали его влияние, уже будучи самостоятельными художниками. К числу первых принадлежали Джованантонио Больтраффио и Марко д'Оджоне, к числу последних — Амброджо де Предис и Содома, который по крайней мере год (1498–1499) мог смотреть и учиться у Леонардо. Наряду с Луини и Гауденцио Феррари Содома — самый крупный художник, усвоивший многие особенности не только формальных моментов искусства Леонардо, но и особенности его стиля вообще. Когда в 1506 году Леонардо появился в Милане снова, вокруг него опять зашевелилось что-то вроде школы. И хотя Леонардо не стеснялся с учениками и покидал их надолго, указания его были настолько драгоценны, что ученики не только не разбегались, но еще и увеличивались в числе. Около него появились Соларио, Чезаре да Сесто, Джанпетрино, Бернардино да Конти. Они и выполняли главную часть работы, когда Леонардо принимал заказы.
Теперь, когда Людовик потребовал от своего «королевского живописца» усиленной работы, ученики целиком его выручили. Около него был неизменный Салаи, был Марко д'Оджоне, ему помогал уже подросший Франческо Мельци, а на заднем плане — другие. Ими, а может преимущественно Марко, были выполнены в основном луврский «Вакх» в 1509–1510 годах и многие другие картины, атрибуция которых до сих пор мучит искусствоведов. Роль Леонардо ограничивалась наброском и кое-какими поправками кистью по готовой картине.
Благодаря этому у него появилось много свободного времени, а королевское покровительство давало возможность не мучиться мыслями о заработке. Леонардо как раз в эти годы много разъезжал по Ломбардии, погруженный в свои геологические и географические изыскания, и наряду с обычными дисциплинами, которыми он не переставал интересоваться, математикой и механикой, начал усиленно работать по анатомии. Как это случилось со многими другими науками, он пришел к анатомии от искусства уже давно, а теперь она приобрела для него захватывающий интерес вполне самостоятельной науки.
«В эту зиму 1510 года, — заносит он в тетради, — думаю справиться вполне с анатомией». Он усиленно работает над трупами в госпитале, ночью. Обстановка была жуткая: в воздухе, насыщенном запахом тлена, среди множества изуродованных, изрезанных, исполосованных, ободранных трупов Леонардо терпеливо работал. Его интересовала кровеносная система. «Я вскрыл более десяти человеческих тел, — пишет он, — убрал все остальные части, удалил все мясо, которое было на этих венах, притом так, что совсем не появилась кровь, разве только кровоточили чуть-чуть капиллярные сосуды…». Ему попадались трупы больных, истощенных людей, и он тщательно заносил в книжку наблюдаемые на них анатомические особенности. В этих занятиях очень помогал Леонардо едва ли не крупнейший анатом своего времени, профессор в Павии — Маркантонио делла Торре. Оба ученых очень подружились, и профессор, увидя, что художник обладает совершенно незаурядными знаниями в области его специальности, стал убеждать его отдаться изучению анатомии систематически, независимо от случайно приводящих к ней интересов искусства. К великому огорчению Леонардо, Маркантонио, который мог сделаться для него таким же компетентным руководителем в анатомии, каким был Пачоли в математике, умер в 1511 году. Ему было всего тридцать лет, и он обещал бесконечно много. Леонардо искренне его оплакивал.