Основной группой, использовавшейся МИ-6 для осуществления операций внутри Советского Союза до конца 60-х годов, был «народно-трудовой союз» (НТС), основанный в 1930 году в Белграде из числа русских белоэмигрантов с целью свержения [19] правительства СССР. НТС активно поддерживал нацистов до и после их вторжения в СССР.
Согласно публикации Луиса Хагена, относящейся к 1968 году, штаб-квартира НТС находилась в Париже, а ее «оперативный центр» размещался во Франкфурте-на-Майне. Организационно НТС строился по образцу разведывательной службы, его члены объединялись в небольшие группы-ячейки. НТС руководил работой радиостанции «Радио свободной России» и школой подготовки агентуры в Бад-Хомбурге. Члены НТС выезжали в Англию для получения в МИ-6 инструкций о новейших методах ведения шпионажа.
Штаб-квартира МИ-6 находится в здании Сентури-хаус, 20-этажном блоке служебных помещений в лондонском районе Ламбет. Здесь ряд региональных отделов поддерживают связь с находящимися за границей сотрудниками разведки и обрабатывают поступающую от них информацию. Отделения, подобно соответствующим подразделениям министерства иностранных дел, организованы по географическому принципу и сведены в шесть отделов: Соединенного Королевства, Европы, европейских социалистических стран, стран Ближнего, Дальнего Востока, Африки. Поскольку в Латинской Америке имеется только одна резидентура, этим континентом, вероятно, занимается какой-то региональный отдел, хотя конфликт в Южной Атлантике мог привести и к определенной реорганизации. Другие отделы занимаются административными вопросами, подготовкой кадров, контрразведкой и обеспечением безопасности. Службы обработки информации и определения заданий, ранее действовавшие самостоятельно, объединены в один отдел. Имеется также большой отдел «специальной поддержки», который укомплектован различными специалистами. Во главе МИ-6 стоит директор.
Оперативная база МИ-6 в любой стране называется резидентурой. В ее функции входит планирование мероприятий, хранение информации, обеспечение связи. Обычно резидентура располагается в здании посольства. Однако она может находиться и в офисах подставной компании или в скромном помещении какой-то закусочной. Необязательно, чтобы резидентура располагалась в той стране, против которой она работает. На резидентуру МИ-6 в Лондоне (60, Воксхолл Бридж-роуд) возложена задача по вербовке агентуры внутри страны, по наблюдению за иностранными дипломатами и другими официальными лицами, представляющими интерес для разведки. Известно, что для подготовки своего персонала МИ-6 использует три объекта: здание конторских учреждений, 296–302 по Барэ Хай-стрит, находящееся в нескольких минутах ходьбы от Сентури-хаус; форт Монктон, около Госпорта, используемый для обработки с обучающимися тактики «побегов и уходов», актов саботажа, подрывных и других действий, в то же время [20] обучение методам наружного наблюдения и допросов (и противодействия им) осуществляется в штаб-квартире военной разведки в Ашфорде.